Search
Question: plotGenes command Sushi
0
gravatar for portia.mcghan
8 months ago by
portia.mcghan0 wrote:

I am having some problems with the plot genes command on sushi. 

My bed file looks like this:

   chrom    start     stop   gene score strand
1     20 32762385 32762699 DNMT3B     .      1
2     20 32780318 32780465 DNMT3B     .      1
3     20 32781353 32781414 DNMT3B     .      1
4     20 32784758 32784859 DNMT3B     .      1
5     20 32786502 32786627 DNMT3B     .      1
6     20 32787230 32787451 DNMT3B     .      1
7     20 32788854 32789012 DNMT3B     .      1
8     20 32791601 32791708 DNMT3B     .      1
9     20 32792626 32792770 DNMT3B     .      1
10    20 32793536 32793595 DNMT3B     .      1
11    20 32795409 32795534 DNMT3B     .      1
12    20 32795650 32795694 DNMT3B     .      1
13    20 32796790 32796869 DNMT3B     .      1
14    20 32797187 32797299 DNMT3B     .      1
15    20 32798460 32798643 DNMT3B     .      1
16    20 32799244 32799328 DNMT3B     .      1
17    20 32800153 32800298 DNMT3B     .      1
18    20 32800835 32800925 DNMT3B     .      1
19    20 32801278 32801426 DNMT3B     .      1
20    20 32802385 32802470 DNMT3B     .      1
21    20 32805338 32805407 DNMT3B     .      1
22    20 32806209 32806327 DNMT3B     .      1
23    20 32807762 32809356 DNMT3B     .      1
24    20 32762424 32762699 DNMT3B     .      1
25    20 32762596 32762699 DNMT3B     .      1
26    20 32807762 32808280 DNMT3B     .      1
27    20 32762642 32762699 DNMT3B     .      1
28    20 32807762 32808069 DNMT3B     .      1
29    20 32779852 32780145 DNMT3B     .      1

And I am using the command:

plotGenes(DNMT3B.bed,chrom,chromstart,chromend,types="exon",col=SushiColors(5)labeltext=TRUE,maxrows=50,height=0.4,plotgenetype="box")

The quartz box appears but there is no data plotted. 

I have also tried many variations of the command which also do not plot any data. 

Any help would be much appreciated. 

ADD COMMENTlink written 8 months ago by portia.mcghan0
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 2.2.0
Traffic: 358 users visited in the last hour