Hi all,

I am working with expression data and comparing males and female gene expression on two different diets (using edgeR). The first thing I would like to do is separate my DGEList element into three components.

• genes that are only expressed in females
• genes that are only expressed in males
• genes that are expressed in both sexes

Most genes are expressed in both sexes, but some are only in males while others are only in females. I would like to analyse these types of genes separately... and how these different gene seta respond to diet.

thanks,

so for some genes, they are expressed across all samples (FB,MB,FE,ME), but some are only expressed in females (F) or males (M)

> cpm(dgList)>1
        F-B F-B.1 F-B.2   M-B M-B.1   F-E F-E.1 F-E.2   M-E M-E.1 M-E.2
3      TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
5      TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
6      TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
7      TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
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9      TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
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I would recommend that you perform a DE analysis to answer your questions, rather than setting a threshold to determine whether a gene is expressed or not. The latter approach isn't reliable. For example, if a gene has a CPM of ~0.9 in males and ~1.1 in females, is this gene "only expressed in females"? What about longer genes that naturally have higher CPMs, or genes with more extreme GC contents that naturally have lower CPMs?

Just do a DE analysis between male and females, it's what edgeR was designed to do.