Question: Problem in featureCounts file.
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gravatar for hafiz.talhamalik
3 months ago by
hafiz.talhamalik0 wrote:

I am using featureCounts for my RNA-seq data to get count matrix. but m facing some problem with my output file. Most of the file is fine but there are few lines which shows multiple chromosome number and length etc parameters so file becomes quite weired. few lines of Output file as follows

**LOC111200915 NC_027757.2 7721187 7721746 - 560 0 0 0 0

TRNAK-UUU NC027757.2;NC027757.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027760.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027762.2;NC027762.2;NC027762.2;NC027763.2;NC027763.2;NC027763.2;NC027764.2;NC027764.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027766.2;NC027766.2;NC027767.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027772.2;NC027772.2;NC027773.2;NC027773.2;NC027773.2;NC027773.2;NC027774.2;NC027774.2;NC027775.2;NC027775.2;NC027775.2;NC027775.2;NC027775.2;NW019168650.1;NW019168661.1;NW_019169624.1 7722262;29794195;4591526;30392959;11812042;16374173;30473285;11381254;21826746;42164146;17725728;9026708;27304567;30328137;23742914;35206430;29522885;14250636;27162666;15948216;3919260;3919762;2561204;2563996;6896672;19438435;2598375;2686316;38206195;12839567;21684230;49974213;14228086;49499569;61424881;7114134;35800460;48102523;19314503;63392769;6265678;15428313;15428619;16450674;21339001;16479044;42214667;22229939;28583827;27326928;40244035;47777439;40154049;27979494;37088912;5364261;5434733;41556796;46568020;46603547;126231;117826;381 7722333;29794266;4591597;30393030;11812113;16374244;30473356;11381325;21826817;42164217;17725799;9026779;27304638;30328208;23742985;35206501;29522956;14250707;27162737;15948287;3919331;3919833;2561275;2564067;6896743;19438506;2598446;2686387;38206266;12839638;21684303;49974284;14228158;49499640;61424952;7114205;35800531;48102594;19314573;63392840;6265749;15428384;15428690;16450745;21339072;16479115;42214738;22230010;28583898;27326999;40244106;47777510;40154120;27979565;37088983;5364332;5434804;41556867;46568091;46603618;126302;117897;452 -;-;+;+;-;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;-;+;+;-;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;+;-;-;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;+;+;-;-;+;-;-;-;-;+;+;-;+;+;-;-;-;+;-;- 4538 0 0 0 2

LOC106389707 NC_027757.2 7723275 7735645 + 12371 28 64 72 26

TRNAS-UGA NC027757.2;NC027757.2;NC027757.2;NC027757.2;NC027758.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027762.2;NC027763.2;NC027763.2;NC027763.2;NC027764.2;NC027764.2;NC027766.2;NC027767.2;NC027769.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027772.2;NC027772.2;NC027773.2;NC027775.2;NW019168715.1;NW019168733.1;NW019168742.1;NW019168742.1;NW019168777.1;NW_019169186.1 7741280;24078124;34525595;10666899;19121740;21792764;41600846;20656779;29654010;30359405;30364011;146499;16721062;16742864;25727874;270249;273544;21630844;18265728;35735409;10545640;40910799;42250306;30289161;43510566;53742535;14169175;52832;161881;92191;97826;108690;17715 7741361;24078205;34525676;10666980;19121821;21792845;41600927;20656860;29654091;30359486;30364092;146580;16721143;16742945;25727955;270330;273625;21630925;18265809;35735490;10545720;40910880;42250387;30289242;43510647;53742616;14169256;52913;161962;92272;97908;108771;17796 +;+;+;-;+;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;-;-;+;-;-;-;+;+;-;+;-;+;+;+;+;+;-;- 2706 16 0 0 2

LOC111212312 NC_027757.2 7742849 7744516 - 1668 12 12 20 18

LOC106389700 NC_027757.2 7745526 7751006 + 5481 355 1142 809 283

TRNAM-CAU NC027757.2;NC027757.2;NC027757.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027758.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027759.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027760.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027761.2;NC027762.2;NC027762.2;NC027763.2;NC027763.2;NC027764.2;NC027764.2;NC027764.2;NC027764.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027765.2;NC027766.2;NC027767.2;NC027767.2;NC027767.2;NC027767.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027768.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027769.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027770.2;NC027771.2;NC027771.2;NC027772.2;NC027772.2;NC027772.2;NC027773.2;NC027773.2;NC027774.2;NC027774.2;NC027775.2;NC027775.2;NW019168597.1;NW019168597.1;NW019168597.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168607.1;NW019168661.1;NW019168661.1;NW019168962.1;NW019169232.1;NW019169386.1;NW_019169386.1 7766741;12035900;25162822;2622328;15251405;15256964;15700018;30499699;9284618;34373920;34386997;34986381;5811235;6956535;7212511;22694131;8219703;11681461;12263521;42077677;47051364;4492638;4496862;4504647;5267769;13546321;17340111;18016513;18019553;19667490;7521328;30384288;20640082;23036266;29571658;16141098;22061468;11743442;17782092;26356994;27734020;6306439;29569234;33675605;9544320;7730407;30266683;50013620;32697633;3588609;8891568;8903752;10647309;20821820;62557474;68091486;11662878;11667999;18756649;36593443;37134941;13000871;21437492;47331317;12242146;12607490;12657306;12723403;12773531;35280203;35285871;64036255;42279742;42284266;2930635;29193324;37767504;40293770;54057933;29775268;38105806;6410007;38322105;234825;301157;358076;27870;77530;181784;231488;143598;297634;347360;196359;197648;3720;24538;1212;7467 7766826;12035971;25162893;2622400;15251476;15257035;15700089;30499784;9284689;34374004;34387081;34986452;5811306;6956606;7212582;22694202;8219774;11681545;12263592;42077748;47051435;4492709;4496933;4504718;5267853;13546392;17340195;18016597;18019637;19667561;7521412;30384373;20640167;23036350;29571743;16141182;22061539;11743513;17782163;26357078;27734104;6306523;29569318;33675676;9544391;7730478;30266756;50013705;32697704;3588682;8891652;8903836;10647380;20821891;62557545;68091557;11662949;11668070;18756733;36593515;37135012;13000942;21437562;47331401;12242219;12607563;12657379;12723476;12773604;35280288;35285956;64036339;42279827;42284351;2930719;29193408;37767575;40293855;54058004;29775339;38105890;6410078;38322176;234898;301230;358149;27943;77603;181857;231561;143671;297707;347433;196444;197733;3804;24611;1296;7551 +;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;+;+;+;-;+;+;-;+;-;+;+;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;+;-;- 7672 40 70 66 212

LOC106389696 NC_027757.2 7766898 7769713 + 2816 0 72 48 22**

featurecounts rna-seq subread • 103 views
ADD COMMENTlink modified 3 months ago by Wei Shi3.2k • written 3 months ago by hafiz.talhamalik0

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ADD REPLYlink written 3 months ago by ATpoint30
Answer: Problem in featureCounts file.
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gravatar for Wei Shi
3 months ago by
Wei Shi3.2k
Australia
Wei Shi3.2k wrote:

The records with more than one chr names contain genes that include multiple exons. featureCounts outputs chr name and coordinates for each exon in its count table. The length is however calculated for the whole gene, representing the total number of unique exonic bases included in a gene.

ADD COMMENTlink written 3 months ago by Wei Shi3.2k
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