Hi Martin, I actually communicated offline with Shang yesterday. I couldn?t not reproduce the error/crash running his code with his data on both Linux and Mac machine. Shang mentioned their Windows version worked just fine. A similar example on metagenomic data mapped to KEGG ortholog pathways works fine in pathview vignette too. This crash problem hasn?t been reported by any other users. I believe it is because of the specially setting of their 64-bit redhat system. Very likely XML package has some problem in their machine based on the error message. Upon my suggestion, they?ve updated their R/bioconductor and reinstalled XML package from source. The problem is still there. I am cc?ing, Duncan Temple Lang, the author of XML package in the message. Hope he may have a better idea on the cause of the problem. Thanks! Weijun -------------------------------------------- On Fri, 9/6/13, Martin Morgan <mtmorgan at="" fhcrc.org=""> wrote: Subject: Re: [BioC] bug report in pathview To: "shang [guest]" <guest at="" bioconductor.org=""> Date: Friday, September 6, 2013, 12:16 PM On 09/05/2013 06:44 PM, shang [guest] wrote: > > there is a segment fault when using the pathview package data analysis in redhat el 5 64bit server, the error report as, > ------------------------------------------------------- > Only KEGG ortholog gene ID is supported, make sure it [[elided Yahoo spam]] > >???*** caught segfault *** > address 0x3300000000, cause 'memory not mapped' > > Traceback: >???1: .Call("RS_XML_ParseTree", as.character(file), handlers, as.logical(ignoreBla? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???nks),? ???as.logical(replaceEntities), as.logical(asText), as.logical(trim),? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as.logical(validate), as.logical(getDTD), as.logical(isURL),? ???as.logical(add? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???AttributeNamespaces), as.logical(useInternalNodes),? ???as.logical(isHTML), as.l? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???ogical(isSchema), as.logical(fullNamespaceInfo),? ???as.character(encoding), as. >? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? logical(useDotNames), xinclude,? ???error, addFinalizer, as.integer(options), as? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???.logical(parentFirst),? ???PACKAGE = "XML") >???2: xmlTreeParse(file, getDTD = FALSE) this looks like a bug in the XML package. Is there a way that you can reduce your script (I don't think pathview.R is from the package?) to a reproducible example that others can run? Martin >???3: parseKGML2(file) >???4: parseKGML2Graph2(xml.file, genes = F, expand = expand.node, split.group = sp? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???lit.group) >???5: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) >???6: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) >???7: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) >???8: tryCatch(expr, error = function(e) {? ? call <- conditionCall(e)? ? if (!is.? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???null(call)) {? ? ? ? if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))? ? ? ? ? ???c? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???all <- sys.call(-4L)? ? ? ? dcall <- deparse(call)[1L]? ? ? ? prefix <- paste("E? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???rror in", dcall, ": ")? ? ? ? LONG <- 75L? ? ? ? msg <- conditionMessage(e)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]? ? ? ? w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + >? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? nchar(sm[1L], type = "w")? ? ? ? if is.na(w))? ? ? ? ? ???w <- 14L + nchar(dcal? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???l, type = "b") + nchar(sm[1L],? ? ? ? ? ? ? ???type = "b")? ? ? ? if (w > LONG)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? prefix <- paste0(prefix, "\n? ")? ? }? ? else prefix <- "Error : "? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n")? ? .Internal(seterrmessage(ms? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???g[1L]))? ? if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),? ? ? ???TR >? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? UE)) {? ? ? ? cat(msg, file = stderr())? ? ? ? .Internal(printDeferredWarnings()? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???)? ? }? ? invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))}) >???9: try(parseKGML2Graph2(xml.file, genes = F, expand = expand.node,? ???split.gr? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???oup = split.group), silent = T) > 10: pathview(gene.data = d[, 1], pathway.id = "04075", species = "ko",? ???kegg.? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???native = FALSE) > 11: eval(expr, envir, enclos) > 12: eval(ei, envir) > 13: withVisible(eval(ei, envir)) > 14: source("pathview.R") > -------------------------------------------------------- > is any tell me how to cover it, we have test it on the lastest version of R 3.0.1-patched 2013-09-06 version and I have restall it ad hoc as well as update from 2.15 > all version report the same bug, very thanks > >???-- output of sessionInfo(): > >???version 3.0.1 Patched (2013-09-05 r63850) > Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) > > locale: >???[1] LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8? ? ???LC_NUMERIC=C >???[3] LC_TIME=en_US.UTF-8? ? ? ? LC_COLLATE=en_US.UTF-8 >???[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8? ? LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 >???[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8? ? ???LC_NAME=C >???[9] LC_ADDRESS=C? ? ? ? ? ? ???LC_TELEPHONE=C > [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C > > attached base packages: > [1] parallel? stats? ???graphics? grDevices utils? ???datasets? methods > [8] base > > other attached packages: >???[1] pathview_1.1.6? ? ? ? org.Hs.eg.db_2.9.0? ? RSQLite_0.11.4 >???[4] DBI_0.2-7? ? ? ? ? ???AnnotationDbi_1.23.18 Biobase_2.21.6 >???[7] BiocGenerics_0.7.4? ? KEGGgraph_1.17.0? ? ? graph_1.39.3 > [10] XML_3.98-1.1 > > loaded via a namespace (and not attached): >???[1] Biostrings_2.29.15 digest_0.6.3? ? ???grid_3.0.1? ? ? ???httr_0.2 >???[5] IRanges_1.19.29? ? KEGGREST_1.1.1? ???png_0.1-6? ? ? ? ? RCurl_1.95-4.1 >???[9] Rgraphviz_2.5.4? ? stats4_3.0.1? ? ???stringr_0.6.2? ? ? tools_3.0.1 > [13] XVector_0.1.0 > > > -- > Sent via the guest posting facility at bioconductor.org. > > _______________________________________________ > Bioconductor mailing list > Bioconductor at r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioconductor > Search the archives: http://news.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor > -- Computational Biology / Fred Hutchinson Cancer Research Center 1100 Fairview Ave. N. PO Box 19024 Seattle, WA 98109 Location: Arnold Building M1 B861 Phone: (206) 667-2793