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Question: Plotting per base coverage from genomecoveragebed utility
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gravatar for gv
3.1 years ago by
gv30
United States
gv30 wrote:
HI Everyone, I have a 3 coiumn tab delimited file(See attached). I want to draw a histogram for this file where my x axis should have nucleotide position(column 2) and y axis should represent the read counts(3rd column) at that nucleotide position. Also I want to additionally add to the graph domain locations(see attached graph). How can i do that. I am beginner in R and bioconductor. Domain location = 715-777 (pink boxes in the graph) Thanks -------------- next part -------------- f11r 1 0 f11r 2 1 f11r 3 2 f11r 4 2 f11r 5 2 f11r 6 2 f11r 7 2 f11r 8 2 f11r 9 2 f11r 10 2 f11r 11 2 f11r 12 2 f11r 13 3 f11r 14 3 f11r 15 4 f11r 16 4 f11r 17 4 f11r 18 4 f11r 19 4 f11r 20 4 f11r 21 4 f11r 22 4 f11r 23 4 f11r 24 4 f11r 25 4 f11r 26 4 f11r 27 4 f11r 28 4 f11r 29 4 f11r 30 4 f11r 31 3 f11r 32 4 f11r 33 4 f11r 34 3 f11r 35 3 f11r 36 4 f11r 37 4 f11r 38 5 f11r 39 5 f11r 40 5 f11r 41 5 f11r 42 6 f11r 43 6 f11r 44 8 f11r 45 8 f11r 46 7 f11r 47 8 f11r 48 8 f11r 49 9 f11r 50 10 f11r 51 11 f11r 52 12 f11r 53 13 f11r 54 14 f11r 55 14 f11r 56 14 f11r 57 15 f11r 58 15 f11r 59 15 f11r 60 16 f11r 61 16 f11r 62 16 f11r 63 16 f11r 64 16 f11r 65 17 f11r 66 17 f11r 67 17 f11r 68 18 f11r 69 19 f11r 70 18 f11r 71 19 f11r 72 20 f11r 73 20 f11r 74 19 f11r 75 19 f11r 76 19 f11r 77 20 f11r 78 20 f11r 79 19 f11r 80 16 f11r 81 16 f11r 82 16 f11r 83 17 f11r 84 16 f11r 85 15 f11r 86 16 f11r 87 16 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f11r 173 3 f11r 174 4 f11r 175 4 f11r 176 4 f11r 177 4 f11r 178 4 f11r 179 3 f11r 180 6 f11r 181 6 f11r 182 7 f11r 183 7 f11r 184 7 f11r 185 7 f11r 186 7 f11r 187 7 f11r 188 7 f11r 189 7 f11r 190 8 f11r 191 8 f11r 192 8 f11r 193 8 f11r 194 9 f11r 195 9 f11r 196 9 f11r 197 10 f11r 198 10 f11r 199 9 f11r 200 10 f11r 201 9 f11r 202 9 f11r 203 9 f11r 204 9 f11r 205 10 f11r 206 10 f11r 207 10 f11r 208 10 f11r 209 10 f11r 210 11 f11r 211 11 f11r 212 11 f11r 213 11 f11r 214 11 f11r 215 11 f11r 216 11 f11r 217 11 f11r 218 12 f11r 219 12 f11r 220 14 f11r 221 14 f11r 222 15 f11r 223 17 f11r 224 19 f11r 225 19 f11r 226 20 f11r 227 20 f11r 228 21 f11r 229 20 f11r 230 21 f11r 231 21 f11r 232 21 f11r 233 22 f11r 234 26 f11r 235 28 f11r 236 28 f11r 237 28 f11r 238 27 f11r 239 25 f11r 240 25 f11r 241 24 f11r 242 26 f11r 243 28 f11r 244 27 f11r 245 27 f11r 246 27 f11r 247 27 f11r 248 27 f11r 249 25 f11r 250 24 f11r 251 22 f11r 252 21 f11r 253 21 f11r 254 21 f11r 255 17 f11r 256 17 f11r 257 17 f11r 258 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