Looks like your FCS file does not conform to the |standard|. It says |$NEXTDATA| keyword is missing, which is one of |The required FCS primary TEXT segment keywords| based on FCS3.0 standard <http: murphylab.web.cmu.edu="" fcsapi="" fcs3.html=""> (see section |3.2.18| ) Mike On 06/24/2014 08:12 AM, Gaël Kaneko wrote: > Hi, > This one for exemple? > Thanks, > Regards, > Gaël > > > Le 23 juin 2014 19:01, Mike <wjiang2@fhcrc.org> <mailto:wjiang2@fhcrc.org>> a écrit : > > Can you send me your FCS file for trouble shooting? > > Mike > > On 06/23/2014 05:30 AM, Gaël Kaneko wrote: >> Bonjour, >> Je travaille sur un article où je traite des données de >> cytométrie (dernier papier pour ma thèse qui, elle, est déjà >> terminée; équipe INRIA Beagle). >> J'utilise régulièrement le package flowCore et particulièrement >> la fonction "read.FCS" qui fonctionne parfaitement sur les >> précédents fichiers FCS que j'avais eu à traiter auparavant. >> >> J'ai lu dans l'aide de la fonction "read.FCS": >> "However, the FCS 3.0 standard includes some options that are not >> yet implemented in this function. If you need extensions, please >> let me know." >> >> J'ai contacté Nolwenn Le Meur qui m'a renvoyé vers vous. >> >> Est-ce bien vous qui vous occupez de cela? Si non, pourriez vous >> m’orienter vers la personne "en charge"? >> >> Pour plus de précision: >> J'ai un problème pour lire des données sortant d'un cytomètre >> "récent" mais n'ai pas accès aux sous fonctions de "read.FCS" qui >> "posent problème": >> >>> >read.FCS("A1.fcs") >> Error in readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") : >> Parameter(s) $BEGINDATA not contained in 'x' >>> >traceback() >> 4: stop(paste("Parameter(s)", pnam[is.na >> <http: is.na=""><http: is.na="">(i)], "not contained in 'x'\n")) >> 3: readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") >> 2: readFCSdata(con, offsets, txt, transformation, which.lines, scale, >> alter.names, decades, min.limit) >> 1: read.FCS("A1.fcs") >> >> et surtout: >> >> >> >>> >read.FCS("A2.fcs") >> Error in txt[["$NEXTDATA"]] : subscript out of bounds >>> >traceback() >> 2: findOffsets(con, emptyValue = emptyValue) >> 1: read.FCS("A2.fcs") >> >> >> Ces fonctions sont en effet "cachées" dans le package et non >> accessibles. >> Je suppose que les metadata de ces nouveaux fcs ne sont pas >> "compatibles" avec ces fonctions pour l'instant. >> >> J'espère ne pas vous prendre trop de temps et vous remercie, par >> avance, de votre réponse. >> >> Gaël Kaneko >> UCBL Lyon1 - INSA de Lyon >> >> PS : Je dois pouvoir vous envoyer un fichier au besoin si cela >> peut vous permettre de me répondre. Il ne faudra juste pas le >> diffuser. >> En vous remerciant encore. >> >> >> >> ---------- Message transféré ---------- >> De : *Nolwenn Le Meur* <nlemeur@gmail.com <mailto:nlemeur@gmail.com="">> >> Date : 20 juin 2014 10:07 >> Objet : Re: Guide vers la personne responsable de "read.FCS"? >> À : Gaël Kaneko <gael.kaneko@gmail.com>> <mailto:gael.kaneko@gmail.com>> >> >> >> Bonjour, >> >> Merci d'utiliser flowCore et félicitation pour votre thèse. >> >> Pour ma part, cela fait bien longtemps que je n'ai pas utilisé >> flowCore et il est vrai que de nombreuses améliorations ont du >> être apportées depuis la version originale créée par Florian et >> moi-même. Il est évident également que l'évolution des cytométres >> et des formats de sauvegarde de données nécessite des mises à >> jours régulières. J'espère que les membres de nom ancienne équipe >> du Fred Hutch continue à enrichir flowCore et sa suite. Le >> responsable actuel du package est M. Jiang wjiang2@fhcrc.org >> <mailto:wjiang2@fhcrc.org> >> >> En espérant qu'il puisse vous aider. >> >> Cordialement, >> Nolwenn Le Meur >> >> ------------------------------------------------------------ >> Nolwenn Le Meur >> Associate professor • Biostatistics >> Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique >> Avenue du Professeur Léon-Bernard CS 74312 35043 Rennes Cedex >> France >> ------------------------------------------------------------ >> Nolwenn.LeMeur@ehesp.fr <mailto:nolwenn.lemeur@ehesp.fr> >> Tél: +33 (0) 2 99 02 25 14 >> <tel:%2b33%20%280%29%202%2099%2002%2025%2014> >> Afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de >> n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité >> >> >> Le 19 juin 2014 à 15:57, Gaël Kaneko <gael.kaneko@gmail.com>> <mailto:gael.kaneko@gmail.com>> a écrit : >> >>> Bonjour, >>> Je travaille sur un article où je traite des données de >>> cytométrie (dernier papier pour ma thèse qui, elle, est déjà >>> terminée; équipe INRIA Beagle). >>> J'utilise régulièrement le package flowCore et particulièrement >>> la fonction "read.FCS". >>> Je vous remercie d’ailleurs énormément pour cette fonction. Elle >>> m'est très utile. >>> >>> J'ai lu dans l'aide de la fonction "read.FCS": >>> "However, the FCS 3.0 standard includes some options that are >>> not yet implemented in this function. If you need extensions, >>> please let me know." >>> "F. Hahne, N.Le Meur" >>> >>> Est-ce toujours vous qui vous occupez de cela? Si non, pourriez >>> vous m’orienter vers la personne "en charge"? >>> >>> Pour plus de précision: >>> J'ai un problème pour lire des données sortant d'un cytomètre >>> "récent" mais n'ai pas accès aux sous fonctions de "read.FCS" >>> qui "posent problème": >>> >>> >>> >>> >>> >>> >>>> read.FCS("A1.fcs") >>> Error in readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") : >>> Parameter(s) $BEGINDATA not contained in 'x' >>>> traceback() >>> 4: stop(paste("Parameter(s)", pnam[is.na >>> <http: is.na=""><http: is.na="">(i)], "not contained in 'x'\n")) >>> 3: readFCSgetPar(x, "$BEGINDATA") >>> 2: readFCSdata(con, offsets, txt, transformation, which.lines, >>> scale, >>> alter.names, decades, min.limit) >>> 1: read.FCS("A1.fcs") >>> >>> et surtout: >>> >>> >>> >>>> read.FCS("A2.fcs") >>> Error in txt[["$NEXTDATA"]] : subscript out of bounds >>>> traceback() >>> 2: findOffsets(con, emptyValue = emptyValue) >>> 1: read.FCS("A2.fcs") >>> >>> >>> Ces fonctions sont en effet "cachées" dans le package et non >>> accessibles. >>> Je suppose que les metadata de ces nouveaux fcs ne sont pas >>> "compatibles" avec ces fonctions pour l'instant. >>> >>> J'espère ne pas vous prendre trop de temps et vous remercie, par >>> avance, de votre réponse. >>> >>> Gaël Kaneko >>> UCBL Lyon1 - INSA de Lyon >>> Tel: 0607080419 >>> >>> PS: si vous préférez me joindre pas téléphone (plus pratique ou >>> plus rapide pour vous), n'hésitez surtout pas. Si je ne peux >>> vous répondre (réunions,...), vous pouvez laisser un message et >>> je vous rappellerai. >>> >>> >>> >>> Email secured by Check Point >>> >> >> > > ​ [[alternative HTML version deleted]]