Question: ggbio() + geom_alignment has stopped working
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gravatar for Anne Deslattes Mays
4.9 years ago by
United States
Anne Deslattes Mays30 wrote:

Hello,

This command for displaying the canonical sequence has been working fine for a while, suddenly a week ago, it stopped, maybe two, I have seen one or two other posts but no replies -- so I am adding my voice.   Here is an example of failure.  It works for ACTB, LMO7, but not for B2M,LMO2, MPO, LMO4, and others.

Error is highlighted in BOLD.  traceback() and sessionInfo() follow.

Thoughts welcome, and answers :).

Anne

> ggbio() + geom_alignment(data = txdb, which = genesymbol["LMO2"])
Parsing transcripts...
Parsing exons...
Parsing cds...
Parsing utrs...
------exons...
------cdss...
------introns...
------utr...
aggregating...
Done
"gap" is not matching to following arbitrary model terms"cds CDS Cds exon EXON Exon utr UTR Utr"
Constructing graphics...
Error in `[[<-`(`*tmp*`, name, value = 1L) : 
  1 elements in value to replace 0 elements
> traceback()
14: stop(paste(lv, "elements in value to replace", nrx, "elements"))
13: `[[<-`(`*tmp*`, name, value = 1L)
12: `[[<-`(`*tmp*`, name, value = 1L)
11: `$<-`(`*tmp*`, "type", value = 1L)
10: `$<-`(`*tmp*`, "type", value = 1L)
9: .hackFun(gr.exons, gr.cds)
8: .local(data, ...)
7: (function (data, ...) 
   standardGeneric("geom_alignment"))(data = <S4 object of class "GRangesList">, 
       list())
6: (function (data, ...) 
   standardGeneric("geom_alignment"))(data = <S4 object of class "GRangesList">, 
       list())
5: do.call(geom_alignment, c(list(data = grl), args.non, list(aes.args)))
4: do.call(geom_alignment, c(list(data = grl), args.non, list(aes.args)))
3: .local(data, ...)
2: geom_alignment(data = txdb, which = genesymbol["LMO2"])
1: geom_alignment(data = txdb, which = genesymbol["LMO2"])

> sessionInfo()
R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] grid      grDevices datasets  parallel  stats     graphics  utils    
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] lumidat_1.2.3                           
 [2] devtools_1.5                            
 [3] lumi_2.16.0                             
 [4] illuminaio_0.6.0                        
 [5] beadarray_2.14.1                        
 [6] BiocInstaller_1.14.2                    
 [7] plyr_1.8.1                              
 [8] RUVSeq_0.1.1                            
 [9] edgeR_3.6.8                             
[10] limma_3.20.9                            
[11] EDASeq_1.10.0                           
[12] aroma.light_2.0.0                       
[13] matrixStats_0.10.0                      
[14] ShortRead_1.22.0                        
[15] BiocParallel_0.6.1                      
[16] reshape2_1.4                            
[17] VennDiagram_1.6.8                       
[18] GeneNet_1.2.10                          
[19] igraph_0.7.1                            
[20] longitudinal_1.1.9                      
[21] gplots_2.14.1                           
[22] pvclust_1.2-2                           
[23] RDAVIDWebService_1.2.0                  
[24] GOstats_2.30.0                          
[25] Category_2.30.0                         
[26] GO.db_2.14.0                            
[27] Matrix_1.1-4                            
[28] graph_1.42.0                            
[29] scales_0.2.4                            
[30] biomaRt_2.20.0                          
[31] DASiR_1.4.0                             
[32] XML_3.98-1.1                            
[33] ggbio_1.12.10                           
[34] ggplot2_1.0.0                           
[35] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_2.14.0
[36] reactome.db_1.48.0                      
[37] org.Hs.eg.db_2.14.0                     
[38] GenomicAlignments_1.0.6                 
[39] BSgenome_1.32.0                         
[40] Rsamtools_1.16.1                        
[41] Biostrings_2.32.1                       
[42] XVector_0.4.0                           
[43] GenomicFeatures_1.16.2                  
[44] GenomicRanges_1.16.4                    
[45] IRanges_1.22.10                         
[46] Gviz_1.8.4                              
[47] xtable_1.7-4                            
[48] st_1.2.2                                
[49] sda_1.3.4                               
[50] fdrtool_1.2.12                          
[51] corpcor_1.6.6                           
[52] entropy_1.2.0                           
[53] venneuler_1.1-0                         
[54] rJava_0.9-6                             
[55] AnnotationDbi_1.26.0                    
[56] GenomeInfoDb_1.0.2                      
[57] Biobase_2.24.0                          
[58] BiocGenerics_0.10.0                     
[59] RSQLite_0.11.4                          
[60] DBI_0.3.0                               

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] affy_1.42.3              affyio_1.32.0            annotate_1.42.1         
 [4] AnnotationForge_1.6.1    base64_1.1               BatchJobs_1.3           
 [7] BBmisc_1.7               BeadDataPackR_1.16.0     beanplot_1.1            
[10] biovizBase_1.12.3        bitops_1.0-6             brew_1.0-6              
[13] bumphunter_1.4.2         caTools_1.17.1           checkmate_1.4           
[16] cluster_1.15.3           codetools_0.2-9          colorspace_1.2-4        
[19] DESeq_1.16.0             dichromat_2.0-0          digest_0.6.4            
[22] doRNG_1.6                evaluate_0.5.5           fail_1.2                
[25] foreach_1.4.2            Formula_1.1-2            gdata_2.13.3            
[28] genefilter_1.46.1        geneplotter_1.42.0       gridExtra_0.9.1         
[31] GSEABase_1.26.0          gtable_0.1.2             gtools_3.4.1            
[34] Hmisc_3.14-5             httr_0.5                 hwriter_1.3.2           
[37] iterators_1.0.7          KernSmooth_2.23-13       labeling_0.3            
[40] lattice_0.20-29          latticeExtra_0.6-26      locfit_1.5-9.1          
[43] MASS_7.3-34              mclust_4.4               memoise_0.2.1           
[46] methylumi_2.10.0         mgcv_1.8-3               minfi_1.10.2            
[49] multtest_2.20.0          munsell_0.4.2            nleqslv_2.4             
[52] nlme_3.1-117             nor1mix_1.2-0            pkgmaker_0.22           
[55] preprocessCore_1.26.1    proto_0.3-10             R.methodsS3_1.6.1       
[58] R.oo_1.18.0              RBGL_1.40.1              RColorBrewer_1.0-5      
[61] Rcpp_0.11.2              RCurl_1.95-4.3           registry_0.2            
[64] reshape_0.8.5            rngtools_1.2.4           rtracklayer_1.24.2      
[67] sendmailR_1.1-2          siggenes_1.38.0          splines_3.1.1           
[70] stats4_3.1.1             stringr_0.6.2            survival_2.37-7         
[73] tools_3.1.1              VariantAnnotation_1.10.5 whisker_0.3-2           
[76] zlibbioc_1.10.0         

ggbio bugs • 989 views
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