phyloseq - plot_bar() error
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Brian Smith ▴ 120
@brian-smith-6197
Last seen 21 months ago
United States

Hi,

I was trying out the phyloseq example at http://joey711.github.io/phyloseq/import-data

Here is my code and the error I get:

================

> OTU = otu_table(otumat, taxa_are_rows = TRUE)
> TAX = tax_table(taxmat)

> physeq = phyloseq(OTU, TAX)
> physeq
phyloseq-class experiment-level object
otu_table()   OTU Table:         [ 10 taxa and 10 samples ]
tax_table()   Taxonomy Table:    [ 10 taxa by 7 taxonomic ranks ]

> plot_bar(physeq, fill = "Family")
Error in .Method(..., na.last = na.last, decreasing = decreasing) : 
  argument 1 is not a vector

 

============

my session info:

> sessionInfo()
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] ape_3.3                                            phyloseq_1.12.2                                   
 [3] MASS_7.3-44                                        edgeR_3.10.5                                      
 [5] permute_0.8-4                                      airway_0.102.0                                    
 [7] metagenomeSeq_1.10.0                               limma_3.24.15                                     
 [9] lubridate_1.3.3                                    gridExtra_2.0.0                                   
[11] scales_0.3.0                                       RColorBrewer_1.1-2                                
[13] hash_2.2.6                                         ggplot2_1.0.1                                     
[15] FDb.InfiniumMethylation.hg19_2.2.0                 org.Hs.eg.db_3.1.2                                
[17] RSQLite_1.0.0                                      DBI_0.3.1                                         
[19] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.1.2            GenomicFeatures_1.20.6                            
[21] AnnotationDbi_1.30.1                               IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.2.1
[23] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0         minfi_1.14.0                                      
[25] bumphunter_1.8.0                                   locfit_1.5-9.1                                    
[27] iterators_1.0.8                                    Biostrings_2.36.4                                 
[29] XVector_0.8.0                                      GenomicRanges_1.20.8                              
[31] GenomeInfoDb_1.4.3                                 IRanges_2.2.9                                     
[33] S4Vectors_0.6.6                                    lattice_0.20-33                                   
[35] Biobase_2.28.0                                     BiocGenerics_0.14.0                               
[37] biomaRt_2.24.1                                     reshape_0.8.5                                     
[39] foreach_1.4.3                                      foreign_0.8-66                                    
[41] preprocessCore_1.30.0                              BiocInstaller_1.18.5                              
[43] tsne_0.1-2                                        

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] nlme_3.1-122              bitops_1.0-6              matrixStats_0.15.0        tools_3.2.0               doRNG_1.6                
 [6] nor1mix_1.2-1             vegan_2.3-1               rpart_4.1-10              KernSmooth_2.23-15        mgcv_1.8-7               
[11] Hmisc_3.17-0              colorspace_1.2-6          nnet_7.3-11               ade4_1.7-2                DESeq2_1.8.2             
[16] base64_1.1                chron_2.3-47              pkgmaker_0.22             rtracklayer_1.28.10       labeling_0.3             
[21] caTools_1.17.1            genefilter_1.50.0         quadprog_1.5-5            stringr_1.0.0             digest_0.6.8             
[26] Rsamtools_1.20.5          illuminaio_0.10.0         siggenes_1.42.0           GEOquery_2.34.0           mclust_5.1               
[31] BiocParallel_1.2.22       gtools_3.5.0              acepack_1.3-3.3           RCurl_1.95-4.7            magrittr_1.5             
[36] Formula_1.2-1             Matrix_1.2-2              futile.logger_1.4.1       Rcpp_0.12.1               munsell_0.4.2            
[41] proto_0.3-10              stringi_1.0-1             RJSONIO_1.3-0             zlibbioc_1.14.0           gplots_2.17.0            
[46] plyr_1.8.3                grid_3.2.0                gdata_2.17.0              splines_3.2.0             multtest_2.24.0          
[51] annotate_1.46.1           beanplot_1.2              igraph_1.0.1              rngtools_1.2.4            geneplotter_1.46.0       
[56] reshape2_1.4.1            codetools_0.2-14          futile.options_1.0.0      XML_3.98-1.3              RcppArmadillo_0.6.100.0.0
[61] latticeExtra_0.6-26       data.table_1.9.6          biom_0.3.12               lambda.r_1.1.7            gtable_0.1.2             
[66] xtable_1.7-4              survival_2.38-3           GenomicAlignments_1.4.2   registry_0.3              memoise_0.2.1            
[71] cluster_2.0.3  

 

thanks!

phyloseq plot_bar() • 1.1k views
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mcmurdie ▴ 20
@mcmurdie-7851
Last seen 5 months ago
United States

You provided a partial example of code and your session info, but this is not necessarily a MRE of the error. Did you get this error when running the complete example code from a fresh session? Or did you make some changes?

 

The source of the error is unclear with the provided information.

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