Question: ChAMP: champ.runCombat error
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gravatar for Brian Smith
3.7 years ago by
Brian Smith120
United States
Brian Smith120 wrote:

Hi,

Sorry, sent this to the R mailing list earlier!!

I was trying to run COMBAT on methylation data, but keep on getting an error:

Error in while (change > conv) { : missing value where TRUE/FALSE needed

The error occurs irrespective of whether I give the entire or reduced (variation filter keeps only about 140k CpGs) datasets.

 

Is there any other preprocessing that I should be doing?

 

thanks!!

 

my code and sessionInfo():

 

 

 

> betacombat <- champ.runCombat(beta.c = beta3, pd = ss, logitTrans = TRUE)

Preparing files for ComBat

Zeros in your dataset have been replaced with 0.000001

Your data is being logit transformed before batch correction

Beginning batch correction

Found 60 batches

Found 0  categorical covariate(s)

Standardizing Data across genes

Fitting L/S model and finding priors

Finding parametric adjustments

Error in while (change > conv) { : missing value where TRUE/FALSE needed

> traceback()

3: it.sol(s.data[, batches[[i]]], gamma.hat[i, ], delta.hat[i, ], 

       gamma.bar[i], t2[i], a.prior[i], b.prior[i])

2: champ.ComBat(dat = log, batch = batch, mod = mod, par.prior = TRUE)

1: champ.runCombat(beta.c = betaASDnorm3, pd = ss_2ASD, logitTrans = TRUE)

> sessionInfo()

R version 3.2.2 (2015-08-14)

Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)

 

locale:

[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

 

attached base packages:

 [1] grid      stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

 

other attached packages:

 [1] ChAMP_1.8.0                                Illumina450ProbeVariants.db_1.6.0         

 [3] ChAMPdata_1.8.0                            IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0

 [5] biomaRt_2.26.1                             data.table_1.9.6                          

 [7] foreign_0.8-65                             preprocessCore_1.32.0                     

 [9] gtools_3.5.0                               BiocInstaller_1.20.1                      

[11] ggdendro_0.1-17                            reshape_0.8.5                             

[13] RnBeads_1.2.0                              plyr_1.8.3                                

[15] methylumi_2.16.0                           minfi_1.16.0                              

[17] bumphunter_1.10.0                          locfit_1.5-9.1                            

[19] iterators_1.0.8                            foreach_1.4.3                             

[21] Biostrings_2.38.2                          XVector_0.10.0                            

[23] SummarizedExperiment_1.0.1                 lattice_0.20-33                           

[25] FDb.InfiniumMethylation.hg19_2.2.0         org.Hs.eg.db_3.2.3                        

[27] RSQLite_1.0.0                              DBI_0.3.1                                 

[29] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2    GenomicFeatures_1.22.5                    

[31] AnnotationDbi_1.32.0                       reshape2_1.4.1                            

[33] scales_0.3.0                               Biobase_2.30.0                            

[35] illuminaio_0.12.0                          matrixStats_0.15.0                        

[37] limma_3.26.3                               gridExtra_2.0.0                           

[39] gplots_2.17.0                              ggplot2_1.0.1                             

[41] fields_8.3-5                               maps_3.0.0-2                              

[43] spam_1.3-0                                 ff_2.2-13                                 

[45] bit_1.1-12                                 cluster_2.0.3                             

[47] RColorBrewer_1.1-2                         MASS_7.3-43                               

[49] GenomicRanges_1.22.1                       GenomeInfoDb_1.6.1                        

[51] IRanges_2.4.4                              S4Vectors_0.8.3                           

[53] BiocGenerics_0.16.1                       

 

loaded via a namespace (and not attached):

 [1] nlme_3.1-121            bitops_1.0-6            tools_3.2.2             doRNG_1.6              

 [5] nor1mix_1.2-1           KernSmooth_2.23-15      mgcv_1.8-7              colorspace_1.2-6       

 [9] DNAcopy_1.44.0          base64_1.1              chron_2.3-47            wateRmelon_1.10.0      

[13] RPMM_1.20               pkgmaker_0.22           labeling_0.3            rtracklayer_1.30.1     

[17] caTools_1.17.1          genefilter_1.52.0       quadprog_1.5-5          stringr_1.0.0          

[21] digest_0.6.8            Rsamtools_1.22.0        siggenes_1.44.0         GEOquery_2.36.0        

[25] impute_1.44.0           mclust_5.1              BiocParallel_1.4.0      RCurl_1.95-4.7         

[29] magrittr_1.5            Matrix_1.2-2            futile.logger_1.4.1     Rcpp_0.12.2            

[33] munsell_0.4.2           proto_0.3-10            stringi_1.0-1           zlibbioc_1.16.0        

[37] gdata_2.17.0            splines_3.2.2           multtest_2.26.0         annotate_1.48.0        

[41] beanplot_1.2            igraph_1.0.1            corpcor_1.6.8           rngtools_1.2.4         

[45] marray_1.48.0           codetools_0.2-14        mixOmics_5.2.0          futile.options_1.0.0   

[49] XML_3.98-1.3            lambda.r_1.1.7          gtable_0.1.2            xtable_1.8-0           

[53] survival_2.38-3         ellipse_0.3-8           GenomicAlignments_1.6.1 registry_0.3           

[57] sva_3.18.0              rgl_0.95.1201

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