Question: I am getting a champ error during BatchNorm
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gravatar for brenna.hott
3.2 years ago by
United States
brenna.hott0 wrote:

Hello,

Here is part of my sample sheet. I am wondering if I need more info here to normalize the batch. I have 3 chips in the batch, all the same group, all medulloblastomas.

             
[Data]            
Sample_Name Sample_Well Sample_Plate Sample_Group Pool_ID Sentrix_ID Sentrix_Position
MDB-01     MDB   200340580047 R01C01
MDB-02     MDB   200340580047 R02C01
MDB-10     MDB   200340580047 R03C01
             
             

Any help would be appreciated,

Brenna

batchNorm <- champ.runCombat()
Preparing files for ComBat
Your data is being logit transformed before batch correction
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
  contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

> sessionInfo()
R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets 
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] IlluminaHumanMethylationEPICmanifest_0.3.0
 [2] ChAMP_1.10.0                              
 [3] Illumina450ProbeVariants.db_1.8.0         
 [4] ChAMPdata_1.10.0                          
 [5] minfi_1.18.2                              
 [6] bumphunter_1.12.0                         
 [7] locfit_1.5-9.1                            
 [8] iterators_1.0.8                           
 [9] foreach_1.4.3                             
[10] Biostrings_2.40.1                         
[11] XVector_0.12.0                            
[12] SummarizedExperiment_1.2.2                
[13] GenomicRanges_1.24.0                      
[14] GenomeInfoDb_1.8.2                        
[15] IRanges_2.6.0                             
[16] S4Vectors_0.10.1                          
[17] lattice_0.20-33                           
[18] Biobase_2.32.0                            
[19] BiocGenerics_0.18.0                       

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.1.0                                
 [2] nor1mix_1.2-1                             
 [3] splines_3.3.0                             
 [4] doRNG_1.6                                 
 [5] Rsamtools_1.24.0                          
 [6] impute_1.46.0                             
 [7] RSQLite_1.0.0                             
 [8] limma_3.28.5                              
 [9] quadprog_1.5-5                            
[10] chron_2.3-47                              
[11] digest_0.6.9                              
[12] RColorBrewer_1.1-2                        
[13] qvalue_2.4.2                              
[14] colorspace_1.2-6                          
[15] fastICA_1.2-0                             
[16] preprocessCore_1.34.0                     
[17] Matrix_1.2-6                              
[18] plyr_1.8.3                                
[19] GEOquery_2.38.4                           
[20] siggenes_1.46.0                           
[21] XML_3.98-1.4                              
[22] biomaRt_2.28.0                            
[23] genefilter_1.54.2                         
[24] zlibbioc_1.18.0                           
[25] xtable_1.8-2                              
[26] scales_0.4.0                              
[27] RefFreeEWAS_2.0                           
[28] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0
[29] BiocParallel_1.6.2                        
[30] openssl_0.9.3                             
[31] annotate_1.50.0                           
[32] beanplot_1.2                              
[33] pkgmaker_0.22                             
[34] mgcv_1.8-12                               
[35] ggplot2_2.1.0                             
[36] GenomicFeatures_1.24.2                    
[37] survival_2.39-4                           
[38] magrittr_1.5                              
[39] mclust_5.2                                
[40] RPMM_1.20                                 
[41] doParallel_1.0.10                         
[42] nlme_3.1-128                              
[43] MASS_7.3-45                               
[44] isva_1.8                                  
[45] tools_3.3.0                               
[46] registry_0.3                              
[47] data.table_1.9.6                          
[48] matrixStats_0.50.2                        
[49] stringr_1.0.0                             
[50] munsell_0.4.3                             
[51] cluster_2.0.4                             
[52] rngtools_1.2.4                            
[53] AnnotationDbi_1.34.3                      
[54] base64_2.0                                
[55] grid_3.3.0                                
[56] RCurl_1.95-4.8                            
[57] marray_1.50.0                             
[58] bitops_1.0-6                              
[59] DNAcopy_1.46.0                            
[60] gtable_0.2.0                              
[61] codetools_0.2-14                          
[62] multtest_2.28.0                           
[63] DBI_0.4-1                                 
[64] reshape_0.8.5                             
[65] reshape2_1.4.1                            
[66] R6_2.1.2                                  
[67] illuminaio_0.14.0                         
[68] GenomicAlignments_1.8.0                   
[69] rtracklayer_1.32.0                        
[70] wateRmelon_1.16.0                         
[71] stringi_1.0-1                             
[72] sva_3.20.0                                
[73] Rcpp_0.12.5  

 

 

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