Hello,

Can I change the axis limits within the dba.plotVolcano function?

Simply adding ylim=c(min,max) doesn't work.

I made volcano plots for two contrasts, and it would be nicer to have comparable axes.

Is there any way to change it?

Thanks for your help,

Suz

dba.plotVocano() uses ggplot internally, so ylim() doesn'y work. There is no easy way to change the behavior of dba.plotVolcano().

If you assign the return value of the call to dba.plotVolcano(), you will get a GRanges object with all the data you need to make your own plots. For example:

> data(tamoxifen_analysis)
> res <- dba.plotVolcano(tamoxifen, th=1)
> res
GRanges object with 2845 ranges and 6 metadata columns:
         seqnames               ranges strand |      Conc
            <Rle>            <IRanges>  <Rle> | <numeric>
     [1]    chr18 [64490686, 64491186]      * |      6.36
     [2]    chr18 [34597713, 34598213]      * |      5.33
     [3]    chr18 [69433108, 69433608]      * |      4.57
     [4]    chr18 [26860997, 26861497]      * |       7.3
     [5]    chr18 [60892900, 60893400]      * |      7.13
     ...      ...                  ...    ... .       ...
  [2841]    chr18 [75404971, 75405471]      * |      3.65
  [2842]    chr18 [46079151, 46079651]      * |      2.94
  [2843]    chr18 [12410806, 12411306]      * |      3.03
  [2844]    chr18 [10833549, 10834049]      * |      2.75
  [2845]    chr18 [21305647, 21306147]      * |      4.39
         Conc_Resistant Conc_Responsive      Fold   p-value       FDR
              <numeric>       <numeric> <numeric> <numeric> <numeric>
     [1]           1.39               7     -5.61  2.36e-10  4.41e-07
     [2]           0.22            5.97     -5.75   3.1e-10  4.41e-07
     [3]          -0.79            5.21        -6  2.97e-09  2.82e-06
     [4]           3.13            7.92     -4.79  1.11e-08  7.89e-06
     [5]           1.84            7.77     -5.93  1.82e-08  8.91e-06
     ...            ...             ...       ...       ...       ...
  [2841]           3.63            3.66     -0.02     0.998     0.999
  [2842]           2.95            2.94      0.02     0.998     0.999
  [2843]           3.02            3.03     -0.01     0.999     0.999
  [2844]           3.07            2.53      0.53         1         1
  [2845]           2.69            4.87     -2.18         1         1
  -------
  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

> plot(res$Fold,-log10(res$FDR),pch=20)