Question: DiffBind peaks input file format
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gravatar for Anna
3 months ago by
Anna0
University of Cambridge
Anna0 wrote:

Hello,

I am using DiffBind and I find it very useful and straightforward to run. However, after running a few trials, I seem to get very different correlation plots (and matrix) when I change the file format of the peaks from the same peak calling. I use MACS2, therefore for each sample I get 3 different files: summit.bed; narrowPeak; .xls. I have tried to input summit.bed and .xls (changing the PeakCaller in the sample sheet in, respectively, bed and macs), and results are very different just running the basic

bed_samples <- dba(sampleSheet = bed_samples_dataframe)
plot(bed_samples)
corvals_bed <- plot(bed_samples)

and

xls_samples <- dba(sampleSheet = xls_samples_dataframe) 
plot(xls_samples) 
corvals_xls <- plot(xls_samples)

It gets even more inconsistent when I run the respective dba.count (with summits=250), with correlation values going from 0.75 to 0.5 in the two cases for a given comparison, for example. Any idea what's going on?

Many thanks for your help! Anna

diffbind macs2 • 149 views
ADD COMMENTlink modified 10 weeks ago by Rory Stark2.8k • written 3 months ago by Anna0

All'inizio della nostra relazione, la nostra vita sessuale era normale. Almeno una volta al giorno facevamo l'amore. Ma non appena il primo anno del nostro matrimonio finì, anche le nostre relazioni sessuali finirono. Per prima cosa, siamo scivolati una volta alla settimana, poi una volta al mese e meno. http://pornoitaliani.video Ogni volta che ho sollevato l'argomento del sesso, mia moglie ha iniziato a arrabbiarsi e creare problemi. Ho smesso di sollevare completamente questo argomento e sono riuscito a farlo al meglio. Durante i sei anni di matrimonio, nulla è migliorato, ma solo peggiorato. In questa storia, ti dirò come siamo riusciti a salvare il nostro matrimonio e rinfrescare la nostra vita sessuale. Valeria aveva 5 anni più di me, carina con se stessa, snella, con seni sodi come ragazze di vent'anni. Ho sempre pensato di essere la persona più felice, dal momento che ho una moglie così grande. Sebbene, ovviamente, ho sentito che la nostra differenza di età è un problema.

ADD REPLYlink written 9 weeks ago by olya.sal20160
Answer: DiffBind peaks input file format
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gravatar for Rory Stark
10 weeks ago by
Rory Stark2.8k
CRUK, Cambridge, UK
Rory Stark2.8k wrote:

In the summit.bed files, the intervals are all only one base wide, while in the .xls file, the peaks are much wider and of variable width. As the pre-counting correlations are based on overlaps, there will be very little overlap when using summit.bed files. This same problem will limit the number of consensus peaks (ones that overlap in multiple samples). As the consensus peakset form the basis of the counting phase, the resulting correlations plots will be very different!

Bottom line: summit.bed files are not really appropriate for use in DiffBind.

ADD COMMENTlink written 10 weeks ago by Rory Stark2.8k
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