Hello,
I am using DiffBind and I find it very useful and straightforward to run. However, after running a few trials, I seem to get very different correlation plots (and matrix) when I change the file format of the peaks from the same peak calling. I use MACS2, therefore for each sample I get 3 different files: summit.bed; narrowPeak; .xls. I have tried to input summit.bed and .xls (changing the PeakCaller in the sample sheet in, respectively, bed and macs), and results are very different just running the basic
bed_samples <- dba(sampleSheet = bed_samples_dataframe)
plot(bed_samples)
corvals_bed <- plot(bed_samples)
and
xls_samples <- dba(sampleSheet = xls_samples_dataframe)
plot(xls_samples)
corvals_xls <- plot(xls_samples)
It gets even more inconsistent when I run the respective dba.count (with summits=250), with correlation values going from 0.75 to 0.5 in the two cases for a given comparison, for example. Any idea what's going on?
Many thanks for your help! Anna
All'inizio della nostra relazione, la nostra vita sessuale era normale. Almeno una volta al giorno facevamo l'amore. Ma non appena il primo anno del nostro matrimonio finì, anche le nostre relazioni sessuali finirono. Per prima cosa, siamo scivolati una volta alla settimana, poi una volta al mese e meno. http://pornoitaliani.video Ogni volta che ho sollevato l'argomento del sesso, mia moglie ha iniziato a arrabbiarsi e creare problemi. Ho smesso di sollevare completamente questo argomento e sono riuscito a farlo al meglio. Durante i sei anni di matrimonio, nulla è migliorato, ma solo peggiorato. In questa storia, ti dirò come siamo riusciti a salvare il nostro matrimonio e rinfrescare la nostra vita sessuale. Valeria aveva 5 anni più di me, carina con se stessa, snella, con seni sodi come ragazze di vent'anni. Ho sempre pensato di essere la persona più felice, dal momento che ho una moglie così grande. Sebbene, ovviamente, ho sentito che la nostra differenza di età è un problema.