Package source v1.6.0

      champ.lasso(fromFile=T,limma=annottated,beta.norm=batchNorm$beta,batchDone=TRUE,pd=myLoad$pd,image=F,bedFile=FALSE,resultsDir=getwd())
trace: champ.lasso(fromFile = T, limma = annottated, beta.norm = batchNorm$beta, 
    batchDone = TRUE, pd = myLoad$pd, image = F, bedFile = FALSE, 
    resultsDir = getwd())
Run Probe Lasso DMR Hunter
Error in `[.data.frame`(dmr.beta.means, , 22:24, ) : 
  undefined columns selected

Using default champ.lasso and limma returns this error, was able to remedy by changing column reference to [,17:19]. Can only guess it is referring to the wrong columns in the limma results obtained from champ.MVP

Best,

Rudy

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.4 (Yosemite)

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0         ChAMP_1.6.0                                        Illumina450ProbeVariants.db_1.4.0                 
 [4] ChAMPdata_1.6.0                                    wateRmelon_1.8.0                                   IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.2.1
 [7] ROC_1.44.0                                         lumi_2.20.2                                        methylumi_2.14.0                                  
[10] minfi_1.14.0                                       bumphunter_1.8.0                                   locfit_1.5-9.1                                    
[13] iterators_1.0.7                                    foreach_1.4.2                                      Biostrings_2.36.1                                 
[16] XVector_0.8.0                                      lattice_0.20-31                                    FDb.InfiniumMethylation.hg19_2.2.0                
[19] org.Hs.eg.db_3.1.2                                 RSQLite_1.0.0                                      DBI_0.3.1                                         
[22] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.1.2            GenomicFeatures_1.20.1                             AnnotationDbi_1.30.1                              
[25] GenomicRanges_1.20.5                               GenomeInfoDb_1.4.1                                 IRanges_2.2.5                                     
[28] S4Vectors_0.6.1                                    ggplot2_1.0.1                                      reshape2_1.4.1                                    
[31] scales_0.2.5                                       Biobase_2.28.0                                     BiocGenerics_0.14.0                               
[34] matrixStats_0.14.2                                 limma_3.24.13                                      plyr_1.8.3                                        

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] nlme_3.1-121            bitops_1.0-6            RColorBrewer_1.1-2      tools_3.2.1             doRNG_1.6               nor1mix_1.2-0          
 [7] affyio_1.36.0           KernSmooth_2.23-15      mgcv_1.8-6              colorspace_1.2-6        DNAcopy_1.42.0          base64_1.1             
[13] preprocessCore_1.30.0   RPMM_1.20               pkgmaker_0.22           rtracklayer_1.28.6      genefilter_1.50.0       quadprog_1.5-5         
[19] affy_1.46.1             stringr_1.0.0           digest_0.6.8            Rsamtools_1.20.4        illuminaio_0.10.0       siggenes_1.42.0        
[25] GEOquery_2.34.0         impute_1.42.0           BiocInstaller_1.18.3    mclust_5.0.2            BiocParallel_1.2.8      RCurl_1.95-4.7         
[31] magrittr_1.5            futile.logger_1.4.1     Matrix_1.2-2            Rcpp_0.11.6             munsell_0.4.2           proto_0.3-10           
[37] stringi_0.5-5           nleqslv_2.8             MASS_7.3-42             zlibbioc_1.14.0         grid_3.2.1              splines_3.2.1          
[43] multtest_2.24.0         annotate_1.46.0         beanplot_1.2            rngtools_1.2.4          marray_1.46.0           codetools_0.2-11       
[49] biomaRt_2.24.0          futile.options_1.0.0    XML_3.98-1.3            lambda.r_1.1.7          gtable_0.1.2            reshape_0.8.5          
[55] xtable_1.7-4            survival_2.38-3         GenomicAlignments_1.4.1 registry_0.3            cluster_2.0.2           sva_3.14.0  

Hi Rudy,

I have got the same error except I am not using the output from champ.MVP. Instead I am using the output from Limma topTable. Any ideas on what might be happening? I assume it is searching for a column that doesn't exist in data. Am I even using the right data?

Any help much appreciated,

Alan

There's an extra comma in the source code for champ.lasso at line 211 defining dmr.beta.means. You can tell from the error message, where there are commas before and after the column specification. Try deleting the second comma and rerunning. 

Cheers,

David