Hi,

when i tried

itrack <- IdeogramTrack(genome ="hg19", chromosome = "chr3")

I got

Error in `genome<-`(`*tmp*`, value = "hg19") : 
  Failed to set session genome to 'hg19'​

Any idea?

sessionInfo()
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.7 (Final)

locale:
[1] C

attached base packages:
 [1] grid      parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils    
 [8] datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0      
 [2] BSgenome_1.38.0                        
 [3] rtracklayer_1.30.4                     
 [4] minfi_1.16.1                           
 [5] bumphunter_1.10.0                      
 [6] locfit_1.5-9.1                         
 [7] iterators_1.0.8                        
 [8] foreach_1.4.3                          
 [9] Biostrings_2.38.4                      
[10] XVector_0.10.0                         
[11] SummarizedExperiment_1.0.2             
[12] lattice_0.20-33                        
[13] Homo.sapiens_1.3.1                     
[14] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2
[15] org.Hs.eg.db_3.2.3                     
[16] GO.db_3.2.2                            
[17] RSQLite_1.0.0                          
[18] DBI_0.4-1                              
[19] OrganismDbi_1.12.1                     
[20] GenomicFeatures_1.22.13                
[21] AnnotationDbi_1.32.3                   
[22] Biobase_2.30.0                         
[23] Gviz_1.14.7                            
[24] GenomicRanges_1.22.4                   
[25] GenomeInfoDb_1.6.3                     
[26] IRanges_2.4.8                          
[27] S4Vectors_0.8.11                       
[28] BiocGenerics_0.16.1                    
[29] BiocInstaller_1.20.3                   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] nlme_3.1-128             bitops_1.0-6             matrixStats_0.50.2      
 [4] RColorBrewer_1.1-2       tools_3.2.3              doRNG_1.6               
 [7] nor1mix_1.2-1            R6_2.1.2                 rpart_4.1-10            
[10] Hmisc_3.17-4             colorspace_1.2-6         nnet_7.3-12             
[13] gridExtra_2.2.1          base64_2.0               preprocessCore_1.32.0   
[16] chron_2.3-47             graph_1.48.0             pkgmaker_0.22           
[19] scales_0.4.0             genefilter_1.52.1        quadprog_1.5-5          
[22] RBGL_1.46.0              stringr_1.0.0            digest_0.6.9            
[25] Rsamtools_1.22.0         foreign_0.8-66           illuminaio_0.12.0       
[28] siggenes_1.44.0          GEOquery_2.36.0          dichromat_2.0-0         
[31] limma_3.26.9             mclust_5.2               BiocParallel_1.4.3      
[34] dplyr_0.4.3              acepack_1.3-3.3          VariantAnnotation_1.16.4
[37] RCurl_1.95-4.8           magrittr_1.5             Formula_1.2-1           
[40] futile.logger_1.4.1      Matrix_1.2-6             Rcpp_0.12.5             
[43] munsell_0.4.3            stringi_1.1.1            MASS_7.3-45             
[46] zlibbioc_1.16.0          plyr_1.8.4               splines_3.2.3           
[49] multtest_2.26.0          annotate_1.48.0          beanplot_1.2            
[52] igraph_1.0.1             rngtools_1.2.4           corpcor_1.6.8           
[55] reshape2_1.4.1           codetools_0.2-14         biomaRt_2.26.1          
[58] mixOmics_6.0.0           futile.options_1.0.0     XML_3.98-1.4            
[61] biovizBase_1.18.0        latticeExtra_0.6-28      lambda.r_1.1.7          
[64] data.table_1.9.6         tidyr_0.5.1              gtable_0.2.0            
[67] openssl_0.9.4            assertthat_0.1           reshape_0.8.5           
[70] ggplot2_2.1.0            xtable_1.8-2             survival_2.39-4         
[73] tibble_1.0               ellipse_0.3-8            GenomicAlignments_1.6.3 
[76] registry_0.3             cluster_2.0.4           

Thank you very much in advance 

Could be related to this:

C: Gviz error 'Expectation Failed'

You are not running the current Bioconductor/R release versions. Can you upgrade your R and Bioc installation and try again.

Florian

Thank you  Folrian !

The problem i have seems to be related to networking. I could not access http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/  from internet browser (not sure why) but I can access (http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables)

When i tried the code below, it works fine but i got the latest genome (hg38 genome. Is there a way to specify hg19 instead of hg38?

 session <- browserSession("UCSC")

 genome(session)
[1] "hg38"

iTrack <- IdeogramTrack(genome ="hg38", chromosome ="chr3") #works fine