Hello,
I try to follow biomaRt tutorial to Retrieve all HUGO gene symbols of genes that are located on chromosomes 17,20 or Y, and are associated with specific GO terms.
getBM(attributes = c('hgnc_symbol', 'chromosome_name'),
filters = c('go', 'chromosome_name'),
values = list(go, chrom),
mart = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl"))
I only got three results:
hgnc_symbol chromosome_name
1 E2F1 20
2 RPS6KB1 17
3 CDK3 17
But if I want to add go_id into the attributes, then I got many results:
getBM(attributes = c('go_id', 'hgnc_symbol', 'chromosome_name'),
filters = c('go', 'chromosome_name'),
values = list(go, chrom),
mart = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl"))
Results:
go_id hgnc_symbol chromosome_name
1 GO:0006355 E2F1 20
2 GO:0006357 E2F1 20
3 GO:0005667 E2F1 20
4 GO:0046983 E2F1 20
5 GO:0000978 E2F1 20
6 GO:0005515 E2F1 20
7 GO:0010628 E2F1 20
8 GO:0005634 E2F1 20
9 GO:0032991 E2F1 20
10 GO:0007049 E2F1 20
11 GO:0005654 E2F1 20
12 GO:0003677 E2F1 20
13 GO:0006915 E2F1 20
14 GO:0003700 E2F1 20
15 GO:0005813 E2F1 20
16 GO:0043565 E2F1 20
17 GO:0006351 E2F1 20
18 GO:0045944 E2F1 20
19 GO:0000981 E2F1 20
20 GO:0045893 E2F1 20
21 GO:0000785 E2F1 20
22 GO:0000077 E2F1 20
23 GO:0000987 E2F1 20
24 GO:1990837 E2F1 20
25 GO:0090575 E2F1 20
26 GO:0043065 E2F1 20
27 GO:0045892 E2F1 20
28 GO:0000122 E2F1 20
29 GO:0060090 E2F1 20
30 GO:0045599 E2F1 20
31 GO:0001216 E2F1 20
32 GO:0070345 E2F1 20
33 GO:0000082 E2F1 20
34 GO:0140297 E2F1 20
35 GO:0008630 E2F1 20
36 GO:0048146 E2F1 20
37 GO:0043392 E2F1 20
38 GO:0043433 E2F1 20
39 GO:0071930 E2F1 20
40 GO:0035189 E2F1 20
41 GO:2000045 E2F1 20
42 GO:0048255 E2F1 20
43 GO:0000976 E2F1 20
44 GO:0019901 E2F1 20
45 GO:0000083 E2F1 20
46 GO:0007283 E2F1 20
47 GO:0030900 E2F1 20
48 GO:0043276 E2F1 20
49 GO:0051726 E2F1 20
50 GO:0060252 E2F1 20
51 GO:0071398 E2F1 20
52 GO:0071456 E2F1 20
53 GO:0071466 E2F1 20
54 GO:0072332 E2F1 20
55 GO:1990086 E2F1 20
56 GO:1990090 E2F1 20
57 GO:0000228 E2F1 20
58 GO:0005737 E2F1 20
59 GO:0005524 RPS6KB1 17
60 GO:0007165 RPS6KB1 17
61 GO:0006468 RPS6KB1 17
62 GO:0004674 RPS6KB1 17
63 GO:0004672 RPS6KB1 17
64 GO:0005634 RPS6KB1 17
65 GO:0005737 RPS6KB1 17
66 GO:0016020 RPS6KB1 17
67 GO:0000166 RPS6KB1 17
68 GO:0016301 RPS6KB1 17
69 GO:0016740 RPS6KB1 17
70 GO:0007049 RPS6KB1 17
71 GO:0016310 RPS6KB1 17
72 GO:0043066 RPS6KB1 17
73 GO:0005654 RPS6KB1 17
74 GO:0005739 RPS6KB1 17
75 GO:0006915 RPS6KB1 17
76 GO:0005741 RPS6KB1 17
77 GO:0006417 RPS6KB1 17
78 GO:0005515 RPS6KB1 17
79 GO:0043005 RPS6KB1 17
80 GO:0045202 RPS6KB1 17
81 GO:0106310 RPS6KB1 17
82 GO:0018105 RPS6KB1 17
83 GO:0048015 RPS6KB1 17
84 GO:0031929 RPS6KB1 17
85 GO:0005829 RPS6KB1 17
86 GO:0004712 RPS6KB1 17
87 GO:0045727 RPS6KB1 17
88 GO:0045948 RPS6KB1 17
89 GO:0000082 RPS6KB1 17
90 GO:0045931 RPS6KB1 17
91 GO:0044539 RPS6KB1 17
92 GO:0032869 RPS6KB1 17
93 GO:0046627 RPS6KB1 17
94 GO:0071363 RPS6KB1 17
95 GO:0031667 RPS6KB1 17
96 GO:0004711 RPS6KB1 17
97 GO:0030165 RPS6KB1 17
98 GO:0042277 RPS6KB1 17
99 GO:0042802 RPS6KB1 17
100 GO:0051721 RPS6KB1 17
101 GO:0001662 RPS6KB1 17
102 GO:0003009 RPS6KB1 17
103 GO:0007281 RPS6KB1 17
104 GO:0007568 RPS6KB1 17
105 GO:0007584 RPS6KB1 17
106 GO:0007616 RPS6KB1 17
107 GO:0009408 RPS6KB1 17
108 GO:0009410 RPS6KB1 17
109 GO:0009611 RPS6KB1 17
110 GO:0009612 RPS6KB1 17
111 GO:0009636 RPS6KB1 17
112 GO:0009749 RPS6KB1 17
113 GO:0010033 RPS6KB1 17
114 GO:0010243 RPS6KB1 17
115 GO:0014070 RPS6KB1 17
116 GO:0014732 RPS6KB1 17
117 GO:0014878 RPS6KB1 17
118 GO:0014911 RPS6KB1 17
119 GO:0016477 RPS6KB1 17
120 GO:0032496 RPS6KB1 17
121 GO:0032868 RPS6KB1 17
122 GO:0032870 RPS6KB1 17
123 GO:0033574 RPS6KB1 17
124 GO:0033762 RPS6KB1 17
125 GO:0034612 RPS6KB1 17
126 GO:0043200 RPS6KB1 17
127 GO:0043201 RPS6KB1 17
128 GO:0043434 RPS6KB1 17
129 GO:0043491 RPS6KB1 17
130 GO:0045471 RPS6KB1 17
131 GO:0046324 RPS6KB1 17
132 GO:0048633 RPS6KB1 17
133 GO:0048661 RPS6KB1 17
134 GO:0050804 RPS6KB1 17
135 GO:0051384 RPS6KB1 17
136 GO:0071346 RPS6KB1 17
137 GO:0071407 RPS6KB1 17
138 GO:0071549 RPS6KB1 17
139 GO:2001237 RPS6KB1 17
140 GO:0009986 RPS6KB1 17
141 GO:0048471 RPS6KB1 17
142 GO:0098794 RPS6KB1 17
143 GO:0098978 RPS6KB1 17
144 GO:0005524 CDK3 17
145 GO:0006468 CDK3 17
146 GO:0004672 CDK3 17
147 GO:0000166 CDK3 17
148 GO:0004674 CDK3 17
149 GO:0016301 CDK3 17
150 GO:0016740 CDK3 17
151 GO:0007049 CDK3 17
152 GO:0016310 CDK3 17
153 GO:0051301 CDK3 17
154 GO:0005515 CDK3 17
155 GO:0106310 CDK3 17
156 GO:0051726 CDK3 17
157 GO:0005634 CDK3 17
158 GO:0004693 CDK3 17
159 GO:0000082 CDK3 17
160 GO:0006974 CDK3 17
161 GO:0008283 CDK3 17
162 GO:0000307 CDK3 17
163 GO:0045023 CDK3 17
164 GO:0045746 CDK3 17
Is it due to that one gene is related to several GO ID?
Besides, there is no Y chromosome result. Not sure if it is indeed no gene in Y or I missed something.
Thank you!