Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks)
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lore • 0
@lore-24619
Last seen 22 months ago

Hola buen día, soy nueva en esto y tengo problemas para analizar estos datos. Cualquier ayuda estaría muy agradecida. Quiero hacer un análisis de anotación funcional pero siempre obtengo la misma señal de error.

Estoy usando el paquete: org.At.tair.db Veo los argumentos validos y he intentado con todos, pero ninguno funciona: columns (org.At.tair.db).

La base de datos que estoy utilizando fue obtenida de un ensamble de Novo con Trinity, dicha lista esta guardada en un archivo .csv llamada : "deseq_Results" y es para una especie de árbol forestal. Ejemplo de algunos datos de la lista: TRINITY_DN268_c0_g1 TRINITY_DN41521_c0_g1 TRINITY_DN109_c0_g1 Mi script en R es el siguiente:


deseq_Results$symbol <- mapIds(org.At.tair.db, keys=row.names(deseq_Results),column="SYMBOL", keytype="TAIR", multiVals="first")
deseq_Results$entrez <- mapIds(org.At.tair.db, keys=row.names(deseq_Results), column="GENENAME",keytype="TAIR",multiVals="first")
deseq_Results$go <- mapIds(org.At.tair.db, keys=row.names(deseq_Results), column="GO",keytype="TAIR",multiVals="first")
deseq_Results$path <- mapIds(org.At.tair.db, keys=row.names(deseq_Results), column="PATH",keytype="TAIR",multiVals="first")


Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks) : 
  None of the keys entered are valid keys for 'TAIR'. Please use the keys method to see a listing of valid arguments.

sessionInfo( )
DUDAS org.At.tair.db • 1.2k views
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@james-w-macdonald-5106
Last seen 12 hours ago
United States

The error is telling you that the IDs you think are TAIR IDs are probably not TAIR IDs. If you are using Trinity to generate a de novo transcriptome, then your trinity IDs are just fake IDs that are made up, and don't correspond to anything.

Is there a reason that you are using a de novo transcriptome instead of the one you can get from NCBI? TAIR 10.1 seems pretty complete? Or is this a related species, and you are hoping to annotate using Arabidopsis?

And from Google translate:

El error le indica que las ID que cree que son TAIR ID probablemente no sean TAIR ID. Si está utilizando Trinity para generar un transcriptoma de novo, entonces sus ID de trinity son solo ID falsos que están inventados y no corresponden a nada.

¿Hay alguna razón por la que está utilizando un transcriptoma de novo en lugar del que puede obtener de NCBI? TAIR 10.1 parece bastante completo? ¿O se trata de una especie relacionada y espera realizar anotaciones con Arabidopsis?

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lore • 0
@lore-24619
Last seen 22 months ago

Estoy utilizando un transcriptoma de novo porque no hay estudios en la especie con la que trabajo. Creo que sí,el error era que los ID no correspondian a los de TAIR. Estoy haciendo la anotación con Trinonate y así me fue mejor.

Agradezco mucho su respuesta. Bonito día.

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