Hello, i am a French bioinformatics student. I want to use the crlmm package to make the copy number,for this i use the function >gensnp=genotype(file.path("SNP6",filessnp),cdfName="genomewidesnp6",c opynumber=TRUE) >cnSet=crlmmCopynumber(gensnp2[[1]]) >cn=copyNumber(cnSet) But i have the result >cn SNP_A-1989634 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA SNP_A-1989647 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA SNP_A-1989659 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA SNP_A-4266322 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA SNP_A-1989663 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA SNP_A-1989664 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA I don't know why. Thanks for your help.

Dear Emilie I think you will increase your chances of getting a useful reply if you follow the posting guide. Wolfgang On Jun/14/10 3:57 PM, emilie sohier wrote: > Hello, i am a French bioinformatics student. > > I want to use the crlmm package to make the copy number,for this i use the function > >> gensnp=genotype(file.path("SNP6",filessnp),cdfName="genomewidesnp6" ,copynumber=TRUE) >> cnSet=crlmmCopynumber(gensnp2[[1]]) >> cn=copyNumber(cnSet) > > > But i have the result >> cn > SNP_A-1989634 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > SNP_A-1989647 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > SNP_A-1989659 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > SNP_A-4266322 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > SNP_A-1989663 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > SNP_A-1989664 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > > I don't know why. > > Thanks for your help. > > _______________________________________________ > Bioconductor mailing list > Bioconductor at stat.math.ethz.ch > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioconductor > Search the archives: http://news.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor -- Wolfgang Huber EMBL http://www.embl.de/research/units/genome_biology/huber