Question: ChipQC Error: first error: could not find function "seqlevels<-"
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gravatar for tirza.doniger
22 months ago by
tirza.doniger20 wrote:

When I run on a sample individually it runs, but when I add the samplefile it ends in the error listed below.

SessionInfo listed at the very bottom.

Thanks so much,

Tirza Doniger
++++++++++++++++++++

Code:

samples = read.csv("chipQC_samples.csv")

BlackListFile <- "mm10.blacklist.bed"

exampleExp = ChIPQC(samples,annotation="mm10",blacklist = BlackListFile,consensus=TRUE,bcount=FALSE)

 

Error:

> exampleExp = ChIPQC(samples,annotation="mm10",blacklist = BlackListFile,consensus=TRUE,bcount=FALSE)
4    2 1 macs
6    2 2 macs
19    2 3 macs
20    2 4 macs
29    1 1 macs
32    1 2 macs
33    1 3 macs
37    1 4 macs
Checking chromosomes:
[1] "chr1"
Compiling annotation...
Adding controls...
Computing metrics for 9 samples...
list
Bam file has 22 contigs
Error: BiocParallel errors
  element index: 1, 2, 3, 4, 5, 6, ...
  first error: could not find function "seqlevels<-"

> sessionInfo()

R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Hebrew_Israel.1255  LC_CTYPE=Hebrew_Israel.1255    LC_MONETARY=Hebrew_Israel.1255 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Hebrew_Israel.1255    

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] ChIPQC_1.12.2              DiffBind_2.4.7             ggplot2_2.2.1              DESeq2_1.16.1             
 [5] SummarizedExperiment_1.6.3 DelayedArray_0.2.7         matrixStats_0.52.2         Biobase_2.36.2            
 [9] GenomicRanges_1.28.3       GenomeInfoDb_1.12.2        IRanges_2.10.2             S4Vectors_0.14.3          
[13] BiocGenerics_0.22.0       

loaded via a namespace (and not attached):
  [1] amap_0.8-14                               colorspace_1.3-2                          rjson_0.2.15                             
  [4] hwriter_1.3.2                             htmlTable_1.9                             XVector_0.16.0                           
  [7] base64enc_0.1-3                           ggrepel_0.6.5                             bit64_0.9-7                              
 [10] AnnotationDbi_1.38.1                      splines_3.4.1                             fail_1.3                                 
 [13] TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene_3.2.2   geneplotter_1.54.0                        knitr_1.16                               
 [16] Formula_1.2-1                             Nozzle.R1_1.1-1                           Rsamtools_1.28.0                         
 [19] annotate_1.54.0                           cluster_2.0.6                             GO.db_3.4.1                              
 [22] pheatmap_1.0.8                            graph_1.54.0                              TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene_3.2.2  
 [25] compiler_3.4.1                            GOstats_2.42.0                            backports_1.1.0                          
 [28] assertthat_0.2.0                          Matrix_1.2-10                             lazyeval_0.2.0                           
 [31] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2   limma_3.32.2                              acepack_1.4.1                            
 [34] htmltools_0.3.6                           tools_3.4.1                               bindrcpp_0.2                             
 [37] gtable_0.2.0                              glue_1.1.1                                GenomeInfoDbData_0.99.0                  
 [40] Category_2.42.1                           reshape2_1.4.2                            systemPipeR_1.10.0                       
 [43] dplyr_0.7.1                               ShortRead_1.34.0                          Rcpp_0.12.11                             
 [46] TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene_3.2.2 TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene_3.2.2   Biostrings_2.44.1                        
 [49] gdata_2.18.0                              rtracklayer_1.36.3                        TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene_3.4.0 
 [52] stringr_1.2.0                             gtools_3.5.0                              XML_3.98-1.9                             
 [55] edgeR_3.18.1                              zlibbioc_1.22.0                           scales_0.4.1                             
 [58] RBGL_1.52.0                               RColorBrewer_1.1-2                        BBmisc_1.11                              
 [61] memoise_1.1.0                             gridExtra_2.2.1                           biomaRt_2.32.1                           
 [64] rpart_4.1-11                              latticeExtra_0.6-28                       stringi_1.1.5                            
 [67] RSQLite_2.0                               genefilter_1.58.1                         checkmate_1.8.3                          
 [70] GenomicFeatures_1.28.4                    caTools_1.17.1                            BiocParallel_1.10.1                      
 [73] chipseq_1.26.0                            rlang_0.1.1                               pkgconfig_2.0.1                          
 [76] BatchJobs_1.6                             bitops_1.0-6                              TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene_3.2.2     
 [79] lattice_0.20-35                           bindr_0.1                                 GenomicAlignments_1.12.1                 
 [82] htmlwidgets_0.8                           bit_1.1-12                                GSEABase_1.38.0                          
 [85] AnnotationForge_1.18.0                    plyr_1.8.4                                magrittr_1.5                             
 [88] sendmailR_1.2-1                           R6_2.2.2                                  snow_0.4-2                               
 [91] gplots_3.0.1                              Hmisc_4.0-3                               DBI_0.7                                  
 [94] foreign_0.8-69                            survival_2.41-3                           RCurl_1.95-4.8                           
 [97] nnet_7.3-12                               tibble_1.3.3                              KernSmooth_2.23-15                       
[100] locfit_1.5-9.1                            grid_3.4.1                                data.table_1.10.4                        
[103] blob_1.1.0                                digest_0.6.12                             xtable_1.8-2                             
[106] brew_1.0-6                                munsell_0.4.3                            

chipqc software error • 536 views
ADD COMMENTlink modified 22 months ago • written 22 months ago by tirza.doniger20
Answer: ChipQC Error: first error: could not find function "seqlevels<-"
1
gravatar for tirza.doniger
22 months ago by
tirza.doniger20 wrote:

Solved the problem: BiocParallel was not installed.

 

Thanks!

ADD COMMENTlink written 22 months ago by tirza.doniger20

I have the same problem and I'm sure BiocParallel is installed.

Here is my code:

library(ChIPQC)
library(BiocParallel)
samples<-read.csv('samples.csv')
ChIPQC(samples)

Here is the output:

WT1   WT  1 macs
WT2   WT  2 macs
WT3   WT  3 macs
DKO1   DKO  1 macs
DKO2   DKO  2 macs
DKO3   DKO  3 macs
DosR1   DosR  1 macs
DosR2   DosR  2 macs
DosR3   DosR  3 macs
Checking chromosomes:
[1] "NC_000962.3"
Computing metrics for 9 samples...
list
Bam file has 1 contigs
Error: BiocParallel errors
  element index: 1, 2, 3, 4, 5, 6, ...
  first error: could not find function "seqlevels<-"

Thank you for your help!

 

ADD REPLYlink written 8 months ago by anisha.zaveri0

I want to add the Sessioninfo() but the comment can only have 5000 characters. So here is a truncated version of sessioninfo()

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[9] base     

other attached packages:
 [1] ChIPQC_1.16.0               DiffBind_2.8.0              SummarizedExperiment_1.10.1
 [4] DelayedArray_0.6.6          BiocParallel_1.14.2         matrixStats_0.54.0         
 [7] Biobase_2.40.0              GenomicRanges_1.32.6        GenomeInfoDb_1.16.0        
[10] IRanges_2.14.11             S4Vectors_0.18.3            BiocGenerics_0.26.0        
[13] ggplot2_3.0.0               BiocInstaller_1.30.0       

 

ADD REPLYlink written 8 months ago by anisha.zaveri0
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