Question: Error while uploading Bioconductor packages - R Shiny
1
gravatar for lloyd.izard
13 months ago by
lloyd.izard30
lloyd.izard30 wrote:

Good morning everyone,

I am just trying to deploy my app to https://www.shinyapps.io but as I do I get the following error :

Preparing to deploy application...DONE
Uploading bundle for application: 305149...Detecting system locale ... DONE
Deploying bundle: 1282230 for application: 305149 ...
Waiting for task: 515286165
  building: Processing bundle: 1282230
  error: Parsing manifest
################################ Begin Task Log ################################ 
################################# End Task Log ################################# 
Erreur : Unhandled Exception: Child Task 515286167 error: Unhandled Exception: Repository must be specified for Bioconductor package source
De plus : Warning message:
Error detecting locale: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : incomplete final line found by readTableHeader on 'raw'
 (Using default: en_US) 
Ex�cution arr�t�e

So the important error here is the following : Repository must be specified for Bioconductor package source

I went through all the forums I could but can't find a solution that is working for me.

I have tried to specify the location of my packages : 

library(shiny, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(cluster, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(fpc, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(interactiveDisplay, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(flowCore, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")

​but still, it doesn't work.

Here's some useful information:

> appDependencies()
                  package   version       source
1           AnnotationDbi    1.40.0 Bioconductor
2                      BH  1.66.0-1         CRAN
3                 Biobase    2.38.0 Bioconductor
4            BiocGenerics    0.24.0 Bioconductor
5                Category    2.44.0 Bioconductor
6                     DBI       0.8         CRAN
7                DEoptimR     1.0-8         CRAN
8                GSEABase    1.40.1 Bioconductor
9                 IRanges    2.12.0 Bioconductor
10                   MASS    7.3-49         CRAN
11                 Matrix    1.2-12         CRAN
12                     R6     2.2.2         CRAN
13                   RBGL    1.54.0 Bioconductor
14           RColorBrewer     1.1-2         CRAN
15                  RCurl 1.95-4.10         CRAN
16                RSQLite       2.0         CRAN
17                   Rcpp   0.12.16         CRAN
18              S4Vectors    0.16.0 Bioconductor
19                    XML 3.98-1.10         CRAN
20               annotate    1.56.1 Bioconductor
21             assertthat     0.2.0         CRAN
22                    bit    1.1-12         CRAN
23                  bit64     0.9-7         CRAN
24                 bitops     1.0-6         CRAN
25                   blob     1.1.0         CRAN
26                  class    7.3-14         CRAN
27                    cli     1.0.0         CRAN
28                cluster     2.0.6         CRAN
29             colorspace     1.3-2         CRAN
30                corpcor     1.6.9         CRAN
31                 crayon     1.3.4         CRAN
32              dichromat     2.0-0         CRAN
33                 digest    0.6.15         CRAN
34                diptest    0.75-7         CRAN
35                flexmix    2.3-14         CRAN
36               flowCore    1.44.2 Bioconductor
37                    fpc    2.1-11         CRAN
38             genefilter    1.60.0 Bioconductor
39                ggplot2     2.2.1         CRAN
40                   glue     1.2.0         CRAN
41                  graph    1.56.0 Bioconductor
42                gridSVG     1.6-0         CRAN
43                 gtable     0.2.0         CRAN
44              htmltools     0.3.6         CRAN
45                 httpuv   1.3.6.2         CRAN
46     interactiveDisplay    1.16.0 Bioconductor
47 interactiveDisplayBase    1.16.0 Bioconductor
48               jsonlite       1.5         CRAN
49                kernlab    0.9-25         CRAN
50               labeling       0.3         CRAN
51                lattice   0.20-35         CRAN
52               lazyeval     0.2.1         CRAN
53               magrittr       1.5         CRAN
54            matrixStats    0.53.1         CRAN
55                 mclust       5.4         CRAN
56                memoise     1.1.0         CRAN
57                   mime       0.5         CRAN
58             modeltools    0.2-21         CRAN
59                munsell     0.4.3         CRAN
60                mvtnorm     1.0-7         CRAN
61                   nnet    7.3-12         CRAN
62                packrat   0.4.9-1         CRAN
63                  pcaPP    1.9-73         CRAN
64                 pillar     1.2.1         CRAN
65              pkgconfig     2.0.1         CRAN
66                  plogr     0.1-1         CRAN
67                   plyr     1.8.4         CRAN
68               prabclus     2.2-6         CRAN
69               reshape2     1.4.3         CRAN
70                  rlang     0.2.0         CRAN
71             robustbase    0.92-8         CRAN
72                  rrcov     1.4-3         CRAN
73                 scales     0.5.0         CRAN
74                  shiny     1.0.5         CRAN
75            sourcetools     0.1.6         CRAN
76                stringi     1.1.7         CRAN
77                stringr     1.3.0         CRAN
78               survival    2.41-3         CRAN
79                 tibble     1.4.2         CRAN
80            trimcluster     0.1-2         CRAN
81                   utf8     1.1.3         CRAN
82            viridisLite     0.3.0         CRAN
83                 xtable     1.8-2         CRAN

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252    LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=French_France.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] shiny_1.0.5     rsconnect_0.8.8

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.16         lattice_0.20-35      packrat_0.4.9-1      digest_0.6.15        mime_0.5             bitops_1.0-6        
 [7] grid_3.4.3           R6_2.2.2             xtable_1.8-2         BiocInstaller_1.28.0 Matrix_1.2-12        RJSONIO_1.3-0       
[13] tools_3.4.3          RCurl_1.95-4.10      httpuv_1.3.6.2       yaml_2.1.18          compiler_3.4.3       htmltools_0.3.6   

I'm blocked here guys, any help would be welcome.

Thanks a lot,

Lloyd

shiny package deploy • 1.5k views
ADD COMMENTlink modified 13 months ago • written 13 months ago by lloyd.izard30
Answer: Error while uploading Bioconductor packages - R Shiny
2
gravatar for lloyd.izard
13 months ago by
lloyd.izard30
lloyd.izard30 wrote:

Alright, well this seems to do the job for me:

> options(repos = BiocInstaller::biocinstallRepos())
> getOption("repos")

Best regards,
Lloyd

ADD COMMENTlink modified 13 months ago • written 13 months ago by lloyd.izard30
1

Hi Lloyd, 

Thanks for posting a solution! 

Best regards,

Marcel 

ADD REPLYlink written 13 months ago by Marcel Ramos ♦♦ 360
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 16.09
Traffic: 333 users visited in the last hour