Error while uploading Bioconductor packages - R Shiny
1
2
Entering edit mode
lloyd.izard ▴ 80
@lloydizard-15069
Last seen 2.7 years ago

Good morning everyone,

I am just trying to deploy my app to https://www.shinyapps.io but as I do I get the following error :

Preparing to deploy application...DONE
Uploading bundle for application: 305149...Detecting system locale ... DONE
Deploying bundle: 1282230 for application: 305149 ...
Waiting for task: 515286165
  building: Processing bundle: 1282230
  error: Parsing manifest
################################ Begin Task Log ################################ 
################################# End Task Log ################################# 
Erreur : Unhandled Exception: Child Task 515286167 error: Unhandled Exception: Repository must be specified for Bioconductor package source
De plus : Warning message:
Error detecting locale: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : incomplete final line found by readTableHeader on 'raw'
 (Using default: en_US) 
Ex�cution arr�t�e

So the important error here is the following : Repository must be specified for Bioconductor package source

I went through all the forums I could but can't find a solution that is working for me.

I have tried to specify the location of my packages : 

library(shiny, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(cluster, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(fpc, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(interactiveDisplay, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")
library(flowCore, lib.loc="C:/Users/Lloyd/Documents/R/win-library/3.3")

​but still, it doesn't work.

Here's some useful information:

> appDependencies()
                  package   version       source
1           AnnotationDbi    1.40.0 Bioconductor
2                      BH  1.66.0-1         CRAN
3                 Biobase    2.38.0 Bioconductor
4            BiocGenerics    0.24.0 Bioconductor
5                Category    2.44.0 Bioconductor
6                     DBI       0.8         CRAN
7                DEoptimR     1.0-8         CRAN
8                GSEABase    1.40.1 Bioconductor
9                 IRanges    2.12.0 Bioconductor
10                   MASS    7.3-49         CRAN
11                 Matrix    1.2-12         CRAN
12                     R6     2.2.2         CRAN
13                   RBGL    1.54.0 Bioconductor
14           RColorBrewer     1.1-2         CRAN
15                  RCurl 1.95-4.10         CRAN
16                RSQLite       2.0         CRAN
17                   Rcpp   0.12.16         CRAN
18              S4Vectors    0.16.0 Bioconductor
19                    XML 3.98-1.10         CRAN
20               annotate    1.56.1 Bioconductor
21             assertthat     0.2.0         CRAN
22                    bit    1.1-12         CRAN
23                  bit64     0.9-7         CRAN
24                 bitops     1.0-6         CRAN
25                   blob     1.1.0         CRAN
26                  class    7.3-14         CRAN
27                    cli     1.0.0         CRAN
28                cluster     2.0.6         CRAN
29             colorspace     1.3-2         CRAN
30                corpcor     1.6.9         CRAN
31                 crayon     1.3.4         CRAN
32              dichromat     2.0-0         CRAN
33                 digest    0.6.15         CRAN
34                diptest    0.75-7         CRAN
35                flexmix    2.3-14         CRAN
36               flowCore    1.44.2 Bioconductor
37                    fpc    2.1-11         CRAN
38             genefilter    1.60.0 Bioconductor
39                ggplot2     2.2.1         CRAN
40                   glue     1.2.0         CRAN
41                  graph    1.56.0 Bioconductor
42                gridSVG     1.6-0         CRAN
43                 gtable     0.2.0         CRAN
44              htmltools     0.3.6         CRAN
45                 httpuv   1.3.6.2         CRAN
46     interactiveDisplay    1.16.0 Bioconductor
47 interactiveDisplayBase    1.16.0 Bioconductor
48               jsonlite       1.5         CRAN
49                kernlab    0.9-25         CRAN
50               labeling       0.3         CRAN
51                lattice   0.20-35         CRAN
52               lazyeval     0.2.1         CRAN
53               magrittr       1.5         CRAN
54            matrixStats    0.53.1         CRAN
55                 mclust       5.4         CRAN
56                memoise     1.1.0         CRAN
57                   mime       0.5         CRAN
58             modeltools    0.2-21         CRAN
59                munsell     0.4.3         CRAN
60                mvtnorm     1.0-7         CRAN
61                   nnet    7.3-12         CRAN
62                packrat   0.4.9-1         CRAN
63                  pcaPP    1.9-73         CRAN
64                 pillar     1.2.1         CRAN
65              pkgconfig     2.0.1         CRAN
66                  plogr     0.1-1         CRAN
67                   plyr     1.8.4         CRAN
68               prabclus     2.2-6         CRAN
69               reshape2     1.4.3         CRAN
70                  rlang     0.2.0         CRAN
71             robustbase    0.92-8         CRAN
72                  rrcov     1.4-3         CRAN
73                 scales     0.5.0         CRAN
74                  shiny     1.0.5         CRAN
75            sourcetools     0.1.6         CRAN
76                stringi     1.1.7         CRAN
77                stringr     1.3.0         CRAN
78               survival    2.41-3         CRAN
79                 tibble     1.4.2         CRAN
80            trimcluster     0.1-2         CRAN
81                   utf8     1.1.3         CRAN
82            viridisLite     0.3.0         CRAN
83                 xtable     1.8-2         CRAN

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252    LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=French_France.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] shiny_1.0.5     rsconnect_0.8.8

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.16         lattice_0.20-35      packrat_0.4.9-1      digest_0.6.15        mime_0.5             bitops_1.0-6        
 [7] grid_3.4.3           R6_2.2.2             xtable_1.8-2         BiocInstaller_1.28.0 Matrix_1.2-12        RJSONIO_1.3-0       
[13] tools_3.4.3          RCurl_1.95-4.10      httpuv_1.3.6.2       yaml_2.1.18          compiler_3.4.3       htmltools_0.3.6   

I'm blocked here guys, any help would be welcome.

Thanks a lot,

Lloyd

shiny package deploy • 4.1k views
ADD COMMENT
6
Entering edit mode
lloyd.izard ▴ 80
@lloydizard-15069
Last seen 2.7 years ago

Alright, well this seems to do the job for me:

> options(repos = BiocInstaller::biocinstallRepos())
> getOption("repos")

Best regards,
Lloyd

ADD COMMENT
3
Entering edit mode

For anyone running into this error using the new BiocManager use:

options(repos = BiocManager::repositories())
ADD REPLY
1
Entering edit mode

Hi Lloyd, 

Thanks for posting a solution! 

Best regards,

Marcel 

ADD REPLY

Login before adding your answer.

Traffic: 221 users visited in the last hour
Help About
FAQ
Access RSS
API
Stats

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.

Powered by the version 2.3.6