Question: SNPrelate, snpgdsFst is excluding all snps on non-autosomes, how can I get it to stop doing that?
0
gravatar for cav3gh
11 months ago by
cav3gh0
cav3gh0 wrote:

I am trying to run a Fst on VCF file output from STACKS from DDRAD sequencing run.  The problem is that when I am running:

vcf.fn <- "batch_1.vcf"
snpgdsVCF2GDS(vcf.fn, "test.gds", method = "biallelic.only")
snpgdsSummary("test.gds")
genofile <- snpgdsOpen("test.gds")
sample.id <- read.gdsn(index.gdsn(genofile, "sample.id"))
pop_code <- scan("/Users/allisavincent/Desktop/pop.txt", what=character())
Read 129 items
head(cbind(sample.id, pop_code))
     sample.id     pop_code
[1,] "BC-B39.all"  "BC"    
[2,] "BC_10_2.all" "BC"    
[3,] "BC_11_2.all" "BC"    
[4,] "BC_30_2.all" "BC"    
[5,] "BC_32_2.all" "BC"    
[6,] "BC_7_2.all"  "BC"    

flag <- pop_code %in% c("BC", "CI", "CK", "EPP", "GA", "GI", "HI", "DI", "OZ", "PA", "PF", "PI", "CS")
samp.sel <- sample.id[flag]

pop.sel <- pop_code[flag]

snpgdsFst(genofile, sample.id = samp.sel, population = as.factor(pop.sel), method = "W&C84")
Fst estimation on genotypes:
Excluding 22,590 SNPs on non-autosomes
Error in .InitFile2(cmd = "Fst estimation on genotypes:", gdsobj = gdsobj,  : 
  There is no SNP!

The problem is that it believes that all SNPS are on non-autosomes so no SNPs are left for analysis.  Is this a problem with the format of the VCF file I am inputing or maybe a problem with how I am reading in the VCF file?

VCF file information:

##fileformat=VCFv4.2
##fileDate=20180406
##source="Stacks v1.46"
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=AD,Number=1,Type=Integer,Description="Allele Depth">
##FORMAT=<ID=GL,Number=.,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
##INFO=<ID=locori,Number=1,Type=Character,Description="Orientation the corresponding Stacks locus aligns in">
#CHROM    POS    ID    REF    ALT    QUAL    FILTER    INFO    FORMAT    BC-B39.all    BC_10_2.all    BC_11_2.all    BC_30_2.all    BC_32_2.all    BC_7_2.all    BC_B12.all    BC_B13.all    BC_B19.all    BC_B24.all    BC_B25.all    BC_B33.all    BC_B36.all    BC_B38.all    BC_B47.all    BC_B5.all    BC_B6.all    CI_B11.all    CI_B18.all    CI_B2.all    CI_B20.all    CI_B33_2.all    CI_B34_2.all    CI_B35_2.all    CI_B4.all    CI_B5.all    CI_B6.all    CK_B11.all    CK_B13.all    CK_B18.all    CK_B2.all    CK_B26_2.all    CK_B27.all    CK_B30.all    CK_B34.all    CK_B48.all    CK_B5.all    CK_B50.all    EPP_B10.all    EPP_B12.all    EPP_B13.all    EPP_B14.all    EPP_B16.all    EPP_B18.all    GA_B10_2.all    GA_B2.all    GA_B31.all    GA_B32.all    GA_B38.all    GA_B45.all    GA_B7.all    GI_B1.all    GI_B14.all    GI_B15_2.all    GI_B21.all    GI_B22.all    GI_B27.all    GI_B31.all    GI_B33.all    GI_B38.all    GI_B39.all    GI_B4.all    GI_B40_2.all    GI_B43_2.all    GI_B47.all    GI_B48.all    GI_B9.all    HI_B1_2.all    HI_SRL_2.all    HI_WRL.all    NERR_B28.all    NERR_B29.all    NERR_B33.all    NERR_B36.all    NERR_B38_2.all    NERR_B40_2.all    NERR_B41.all    NERR_B45_2.all    NERR_B47.all    NERR_B54.all    OZ_B13_2.all    OZ_B16.all    OZ_B17_2.all    OZ_B18_2.all    OZ_B26.all    OZ_B32.all    OZ_B40.all    OZ_B45_2.all    PA_B12.all    PA_B16_2.all    PA_B19.all    PA_B20.all    PA_B23_2.all    PA_B25.all    PA_B26.all    PA_B27.all    PA_B2_2.all    PA_B3.all    PA_B31.all    PA_B37.all    PA_B42.all    PA_B5.all    PF_B11.all    PF_B16.all    PF_B23.all    PF_B3.all    PF_B30.all    PF_B32.all    PF_B37.all    PF_B38.all    PF_B39.all    PF_B40.all    PF_B45.all    PI_B13.all    PI_B14.all    PI_B15.all    PI_B17.all    PI_B2.all    PI_B26.all    PI_B30.all    PI_B31.all    PI_B33.all    PI_B35.all    PI_B36.all    PI_B5.all    PI_B7.all    S1_B10.all    S1_B5.all    S1_B9.all
un    83    2_6    G    A    .    PASS    NS=13;AF=0.231;locori=p    GT:DP:AD    0/0:26:26,0    ./.:8:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:38:0,38    0/0:8:8,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:49:0,49    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:4:4,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/1:8:3,5    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:7:7,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:26:26,0    ./.:0:.,.    0/0:10:10,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:10:10,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:19:19,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:6:6,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/1:38:11,27    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.
un    87    2_10    A    C    .    PASS    NS=13;AF=0.500;locori=p    GT:DP:AD    1/1:26:0,26    0/0:8:8,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:38:38,0    1/1:8:0,8    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:49:49,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:4:0,4    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:8:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:7:0,7    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:26:0,26    ./.:0:.,.    0/0:10:10,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    1/1:10:0,10    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/1:19:10,9    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:6:6,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    0/0:38:38,0    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.    ./.:0:.,.

 

snprelate fst • 331 views
ADD COMMENTlink modified 11 months ago by zhengx30 • written 11 months ago by cav3gh0
Answer: SNPrelate, snpgdsFst is excluding all snps on non-autosomes, how can I get it to
0
gravatar for zhengx
11 months ago by
zhengx30
United States
zhengx30 wrote:

Try:

snpgdsFst(genofile, sample.id = samp.sel, population = as.factor(pop.sel), method = "W&C84", autosome.only=FALSE)

 

ADD COMMENTlink written 11 months ago by zhengx30
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 16.09
Traffic: 261 users visited in the last hour