Question: EBSeq package gives NaN Values for EBMultiTest
0
gravatar for jbarker2
4.4 years ago by
jbarker20
United States
jbarker20 wrote:

Hello,

I am using the EBSeq to look at differential expression in RNA seq data.  I have 99 samples and 20531 genes and four conditions.  I made my ran the code largely following the example in the "Gene level DE analysis (more than two conditions)" from the EBSeq vignette pdf.   Specifically, for my conditions matrix "Conditions" and my sequencing counts matrix "data", I ran:

PosParti=GetPatterns(Conditions)
MultiSize=MedianNorm(data)
MultiOut=EBMultiTest(data,NgVector=NULL,Conditions=Conditions,AllParti=PosParti,sizeFactors=MultiSize, maxround=10)
MultiPP=GetMultiPP(MultiOut)
MultiFC=GetMultiFC(MultiOut)

When I looked at my results, I saw many rows of the MultiOut$PPMat as well as the corresponding rows of MultiPP had NaN values for all conditions.  There were three particular genes I cared about and all three were NaN.  When I looked at the data matrix for these three values, there were a decent number of 0s, but there was plenty of samples with expression as well.

Can anyone help me understand what these NaN values mean?  I have included the expression matrix for the genes of interest below.  The sample names is on the top, and the gene (designated G#) on the side with the counts in the middle.  If you want the conditions matrix, I can include that as well, but I rean out of characters.

Thank you!


DATA

    06-0171    26-1442    06-0747    06-5414    14-1829    06-0190    26-5139    06-0221
G1    5    1    5    249    2    18    27    0
G2    5    0    1    0    1    0    3    1
G3    0    0    0    0    1    0    0    17
    27-1832    12-3652    06-0211    06-0129    12-0616    06-0882    06-0210    06-0178
G1    43    79    6    3    1    0    441    3
G2    0    5    3    1    2    0    40    0
G3    0    0    0    22    1    1    1    0
    14-1034    06-0174    27-2528    06-0125    19-4065    26-5132    14-1825    15-0742
G1    0    115    138    0    1    3    1    0
G2    0    6    1    0    4    0    0    0
G3    0    0    1    2    0    0    0    0
    06-5408    06-5410    26-5136    06-0750    14-0789    06-5413    26-5134    08-0386
G1    1    2    5    0    54    53    0    6
G2    0    0    0    0    0    1    0    10
G3    2    0    0    0    0    1    0    5
    19-2620    41-5651    14-0871    41-4097    06-0158    06-0187    12-3650    06-0219
G1    0    297    7    30    221    0    8    114
G2    0    4    883    0    0    0    300    0
G3    1    1    5    0    0    0    1    0
    19-2629    27-1835    27-1834    14-0817    06-0745    06-0743    06-5858    06-0156
G1    7    4    37    2    55    510    1    124
G2    0    0    3    4    0    10    11    0
G3    0    1    1    0    1    0    0    0
    27-2519    06-0141    06-5416    27-1837    06-0138    06-0645    06-5856    06-0184
G1    2    1    1    0    104    3    21    0
G2    0    0    0    0    6    0    0    0
G3    5    0    1    1    0    0    0    0
    06-0152    06-5859    12-3653    19-0957    27-2524    06-0878    02-0047    15-1444
G1    0    1383    3    50    1    0    0    1
G2    0    70    1    1    0    0    0    3
G3    1    1    0    465    2    1    1    28
    06-5411    27-2521    41-2571    06-0238    14-0787    06-0649    19-2619    14-1823
G1    2    4    1    281    153    6    8    0
G2    0    5    0    22    0    0    0    0
G3    2    1    0    2    0    0    0    0
    06-5417    06-5415    27-2523    19-5960    26-5135    06-0130    12-0619    06-0744
G1    0    3    1    305    6    9    4    27
G2    1    0    1    0    0    2    992    3
G3    4    0    10    0    304    0    2    0
    06-5412    06-0644    27-1831    19-2624    06-0646    19-1389    14-1402    41-3915
G1    2    24    0    55    1    4    83    2
G2    0    0    2    1    0    0    3    0
G3    0    0    1    2    6    0    0    1
    06-0168    12-0618    12-0821    06-5418    06-0157    06-0749    27-2526    27-1830
G1    19    631    4    1    0    0    1    2
G2    0    25    1    0    14    0    0    1
G3    0    1    2728    0    3    0    0    8
    06-0686    41-2572    19-2625
G1    0    2    0
G2    4    0    0
G3    5    0    0
ADD COMMENTlink written 4.4 years ago by jbarker20

I don't know if this is the answer, but you might check the 0.75 quantile for these rows. From the EBSeq homepage: 

"2014-1-30 In EBSeq 1.3.3, the default setting of EBTest function will remove low expressed genes (genes whose 75th quantile of normalized counts is less than 10)"

ADD REPLYlink written 4.4 years ago by Michael Love25k

I tried to follow up on Michael Love' suggestion, but when I changed PoolLower=0, PoolUpper = 1 to include everything, I still got all NaNs.

ADD REPLYlink written 4.4 years ago by jbarker20
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 16.09
Traffic: 128 users visited in the last hour